3D_CAD

赤間の脳のpialファイルをCAD用に変換したstlファイル、stl.tar.gzを用いて脳の3D印刷をする方法です。機械系・葭田貴子先生の研究室にいろいろと教えていただきました。

赤間の脳のCADファイルは希望者には差し上げます。メールをください。

pialファイルを作る方法は註に書いておきます。SPMなどが使っているNiftiやAnalyze(hdr, img)を介しては作成できません。

FreeSurferというフリーのソフトウェアをインストールする必要があります。

これには、マシンスペックと時間が必要です。

ファイルの読み方。

.pial：脳膜のボリュームデータ、標準的な3次元の脳データです。

.white：白質のボリュームデータ、pialから一番外側の皮を一枚剥いだ状態のデータです。

rh.とlh.はそれぞれ右脳、左脳を表しています。

CAD用にできあがったstlファイルを閲覧しましょう。

stlファイルはそのまま3Dプリンターにかけられますが、相当のスペックを持った3Dプリンターでないと難しいかもしれません

(この辺は赤間に知識がない)

stlファイルは、先生が費用を払えば、技術部に持って行くと3Dプリンター出力してくれます。

どんなものかイメージするため、

linux上で

tar xfvz stl.tar.gz

コマンドを使いstlを展開してください。

stlファイルの閲覧には、CADのviewerが必要です。

たとえば、MeshLab

http://meshlab.sourceforge.net/

からダウンロード、インストール

http://keisawada.com/MeshLab/meshlab.html

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註：脳画像解析プログラムFreesurferでCAD用のstlファイルを作る方法

FreeSurferでT1強調画像（機能画像、構造画像）をpialと言う形式に替えてください。

SPMでDicom Import(hdr, imgに変換)するのではなく、DICOMのまま、FreeSurferでpialファイルに替えてください。

この辺は、FreeSurferのサイトを見ればわかると思います。

そして、recon-allしてmris_convertでpialからstlを作る

デモ版としてFreeSurferに入っているbertの脳画像を使う例を紹介します。

sudo chmod -R a+w $FREESURFER_HOME/subjects/bert

でpermissionを指定します。

デモ版

/Applications/freesurfer/subjects/bert/surf

を利用

mris_convert /Applications/freesurfer/subjects/bert/surf/rh.pial rh.pial.stl

Pial ファイルはrecon-allで自動生成されるcsfを除いた画像です。

Meshlabでstlファイルは表示可能です。フリーでCadが見られます。

私のホームページの画像はこのような方法でつくられたものです。