MRICron

MRICronはNifti形式の脳地図、脳画像表示Freeソフトウェアである。

http://people.cas.sc.edu/rorden/mricron/install.html

を参考にダウンロード、インストール(Windows, MAC, Linux)

起動

File->Open Templateからたとえば

aal.nii.gz

を選択

gz: gzipで圧縮されている; nii: NIFTIという画像ファイル形式 

AAL (Automated Anatomical Labeling)については以下、参照

http://neuro.imm.dtu.dk/wiki/Automated_Anatomical_Labeling

http://www.gin.cnrs.fr/en/tools/aal-aal2/

N. Tzourio-Mazoyerらによる脳地図で、脳を116個の領域に分けている。

http://neuro.compute.dtu.dk/services/brededatabase/index_roi_tzouriomazoyer.html

MRICronを利用したAALの位置情報の取得

Template画像のみならず、任意のniiファイルがMRICronで開けますが、背景画像がないので見にくいです。.そのためOverlayします。解剖学的アトラスの上に機能画像を置く方法。

MRICronを用い、領域ごとに色分けされた脳地図をT1強調画像の上に重ねて示す方法。

ここでは神経繊維束:JHU-WhiteMatter-labels-1mm.nii.gzを例に挙げる。

まずJHU-WhiteMatter-labels-1mm.nii.gzをFile->Open Templateから選ぶ

こうしたTemplate画像があるディレクトリを確認するか、overlayする画像をどこかにあらかじめ保存しておく。ここではOverlayする画像としてch2.nii,gzを使う。

Overlay->Addからch2.nii,gzを選択。

Transparency on backgroundを50%にする。

画像をGreyscaleにする。

図ではcrosshairはuncinate fasciculus_Rにあることが表示されている。

MRICronを利用し、T1強調画像の上に任意の機能画像をoverlayし、カーソルの当たったvoxelsのAALのラベルを取得する方法

後は、Background画像とoverlayされた二つの画像についてそれぞれ上限値、下限値の調整をしてください。

たとえば、下の画像では、

Background(all.nii.gz)が1.00, 255,

対象となるniiファイル(semantic_association-test_z_FDR_0.01.nii.gz)が3warmで0.46,16.2

overlayされるspm12/canonical/single_subj_t1.niiがgreyscaleで0, 0.56

となっております。