共軛焦,簡稱共焦,是指當點光源發射光線通過透鏡至被照物,若物體恰在焦點上,那麼反射光通過原透鏡將匯聚回到光源,這即是共軛焦。共軛焦顯微鏡於反射光的路徑中放置一半反半透鏡,使已通過透鏡的反射光線射往其他方向。其焦點有一針孔,其餘為擋板,將未通過焦點的反射光阻擋。如此便能測量焦點處的反射光強度。這代表能對一半透明物體進行立體的三維掃描。且與複式顯微鏡不同,其可觀察活細胞,親眼看見細胞中的胞器如何移動。