У Протопопівському ліцеї створені сприятливі умови для навчання дітей з особливими освітніми потребами, а саме:
заклад забезпечений необхідними навчальними площами;
наявний туалет на І поверсі;
виконано поточний ремонт класних кімнат.
Усі основні приміщення закладу мають природне освітлення. Світло на робочі місця падає ліворуч. При оздоблені навчальних приміщень враховано такі вимоги: стіни світлих тонів; меблі, парти – кольору натурального дерева; стелі, віконні рами – білі. Розташування меблів і обладнання, декоративних рослин сприяє максимальному використанню денного світла і рівномірному освітленню приміщень. З вересня по травень у приміщеннях рівень освітлення підвищується за допомогою штучного освітлення. У закладі дотримується повітряно – тепловий режим. Чистота повітря у закладі забезпечується регулярністю вологого прибирання, використанням всіх видів провітрювання (наскрізне, кутове, однобічне).
Навчальні меблі класних кімнат відповідають віковим та морфофункціональним особливостям дітей, враховується специфіка навчально – виховного процесу.
Шкільна та пришкільна території підтримуються в належному стані.
В закладі створені умови для навчання дітей відповідно до індивідуальної програми розвитку та з урахуванням їхніх індивідуальних потреб і можливостей. Учням надаються психолого – педагогічні та корекційно – розвиткові послуги( у навчальному закладі працюють соціальний педагог практичний психолог).