โรงเรียนปากเกร็ด มีการบริหารจัดการระบบดูแลช่วยเหลือนักเรียนตามนโยบาย สพฐ. เพื่อส่งเสริม พัฒนาการดำเนินงานระบบดูแลช่วยเหลือนักเรียน ที่สอดคล้องกับสภาพปัญหาและบริบทของโรงเรียน  โดยมีการวางแผนร่วมกับคณะกรรมการ และสร้างความตระหนักและความเข้าใจกับครูและบุคลากรทางการศึกษาในการดำเนินการตามระบบดูแลช่วยเหลือนักเรียน โดใช้วงจร เดมิ่ง (PDCA)

      1.1 ข้อมูลนักเรียนรายบุคคล โดยครูที่ปรึกษาสำรวจข้อมูลพื้นฐานนักเรียนด้วยเครื่องมือการคัดกรองที่หลากหลาย เพื่อจัดกลุ่มนักเรียนเป็นกลุ่มปกติ กลุ่มพิเศษ (อัจฉริยะ) กลุ่มเสี่ยง และกลุ่มมีปัญหา เพื่อให้การดูแลช่วยเหลือ ป้องกัน แก้ปัญหานักเรียนเป็นรายกรณี เช่น นักเรียนที่มีปัญหาด้านเศรษฐกิจ ปัญหาด้านการเรียน ปัญหาด้านยาเสพติด 

       โรงเรียนปากเกร็ด มีข้อมูลสารสนเทศเกี่ยวกับนักเรียนรายบุคคลที่เป็นปัจจุบันและพร้อมนำมาใช้งาน ซึ่งโรงเรียนใช้ ระบบ D School  เพื่อบันทึกข้อมูลของนักเรียนในด้านต่าง ๆ เช่น  การบันทึกเวลาการเข้า-ออกโรงเรียน  การบันทึกคะแนนพฤติกรรม  การบันทึกการเยี่ยมบ้าน การประเมินพฤติกรรมนักเรียน SDQ , EQ

    ครูที่ปรึกษาคัดกรองนักเรียน  เพื่อจัดกลุ่มนักเรียนเป็นกลุ่มปกติ กลุ่มพิเศษ กลุ่มเสี่ยง และกลุ่มมีปัญหา โดยใช้เครื่องมือที่หลากหลาย เช่น ข้อมูลจากระเบียนสะสม แบบประเมินพฤติกรรม (SDQ) ข้อมูลจากการเยี่ยมบ้าน

         โรงเรียนมีการจัดกิจกรรมที่ส่งเสริมให้นักเรียนทุกกลุ่มได้รับการพัฒนาที่แตกต่างกันตามความถนัดและความสนใจ เช่น การเข้าร่วมการแข่งขัน การให้ความรู้ ความเข้าใจ การป้องกันและกำกับติดตาม รวมไปถึงการจัดกิจกรรมที่ให้นักเรียนได้เกิดการลงมือทำและเกิดกระบวนการคิด  เพื่อนำมาพัฒนาและสร้างเสริมทักษะชีวิต อีกทั้งยังช่วยเหลือ ส่งเสริม ดูแลนักเรียนกลุ่มเรียนรวม

3.1 กิจกรรมโฮมรูมและการประชุมผู้ปกครอง เพื่อส่งเสริม และพัฒนานักเรียน

3.2 การส่งเสริมนักเรียนตามกลุ่มปกติ กลุ่มพิเศษ กลุ่มเสี่ยง และกลุ่มมีปัญหา  (นักเรียนจะไม่รู้ว่าตนเองอยู่กลุ่มใด เป็นความลับ)

3.2.1 ส่งเสริมกลุ่มปกติ คือ กลุ่มที่โรงเรียนจัดกิจกรรมเพื่อเสริมสร้างภูมิคุ้มกัน ส่งเสริมและพัฒนา

3.2.2 ส่งเสริมกลุ่มพิเศษ คือ กลุ่มที่โรงเรียนจัดกิจกรรมเพื่อส่งเสริมให้นักเรียนได้พัฒนาศักยภาพ ความสามารถพิเศษถึงขั้นสูงสุด (รางวัลที่ได้)

3.2.3 กลุ่มเสี่ยง คือ นักเรียนที่มีพฤติกรรมเบี่ยงเบนไปจากปกติ เช่น เก็บตัว การปรับตัวทางเพศไม่เหมาะสม ทดลองยาเสพติด ผลการเรียนเปลี่ยนแปลงไปในทางลบ 

3.2.4  กลุ่มมีปัญหา คือ นักเรียนที่มีพฤติกรรมที่เป็นปัญหาชัดเจน มีผลกระทบต่อวีถีชีวิตประจำวันของตนเอง ต่อสังคม ส่วนรวมในด้านลบ เช่น ปัญหาครอบครัว ปัญหาด้านเศรษฐกิจ และปัญหาพฤติกรรมของนักเรียน

จัดกิจกรรมค่ายพัฒนาระเบียบวินัยและคุณธรรม เพื่อปรับพฤติกรรมนักเรียน

3.2.5 ส่งเสริมเด็กเรียนรวม 

    โรงเรียนปากเกร็ดมีเด็กเรียนรวมที่เรียนร่วมกับเด็กปกติ ซึ่งเด็กเรียนรวมของเรามีความบกพร่องทางด้านร่างกาย  สติปัญญา บกพร่องทางการเรียนรู้ และสมาธิสั้น 

         โรงเรียนมีการป้องกัน ช่วยเหลือและแก้ไขปัญหา โดยมีการให้คำปรึกษาแก่นักเรียน มีการสื่อสารกับผ้ปกครอง ด้วยวิธีการสร้างกลุ่มไลน์ผู้ปกครอง เพื่อประสานความร่วมมือในการช่วยเหลือแก้ไขปัญหาของนักเรียน และจัดกิจกรรมที่ช่วยเสริมหลักสูตร เช่น ชุมนุม การสอนซ่อมเสริม เป็นต้น

        5.1 การส่งต่อภายใน  ครูที่ปรึกษาส่งต่อนักเรียนที่มีปัญหาหรือมีความเสี่ยง ให้ครูแนะแนว หรือครูที่เกี่ยวข้องที่สามารถให้การดูแลช่วยเหลือนักเรียนได้ ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับปัญหาและความต้องการของนักเรียนเป็นรายกรณี

        5.2 การส่งต่อภายนอก  โดยครูแนะแนวส่งต่อให้ผู้เชี่ยวชาญเฉพาะทาง  ซึ่งโรงเรียเรียนปากเกร็ดได้เชิญนักจิตวิทยาประจำโรงเรียน (สพม.นนทบุรี)  มาให้คำปรึกษาแก่นักเรียน เดือนละ 2 ครั้ง 

โรงเรียนปากเกร็ด ให้การดูแลช่วยเหลือนักเรียนที่ขาดแคลนทุนทรัพย์ให้ได้รับทุนการศึกษาประจำปีการศึกษา ดังนี้ 

     โรงเรียนปากเกร็ดมีการระดมทุนจากหน่วยงานต่าง ๆ เช่น กองทุนมูลนิธิปากเกร็ด-เสาธงทอง ชมรมครูเก่าและศิษย์เก่า ครูและบุคลากรในโรงเรียน เครือข่ายผู้ปกครอง และกล่องบริจาคปันรักจากครอบครัวปากเกร็ด (ครอบครัวอุปถัมภ์) จากพี่น้องชาวดำ-แดง เพื่อสนับสนุนและช่วยเหลือนักเรียนที่มีฐานะยากลำยาก ขาดแคลนทุนทรัพย์ เพื่อให้เป็นขวัญและกำลังใจแก่นักเรียนในด้านการเรียน