โรงเรียนปากเกร็ด มีระบบการประกันคุณภาพที่มีขั้นตอนและรูปแบบที่ชัดเจนโดดเด่นเป็นต้นแบบให้สถานศึกษาแห่งอื่นที่มีบริบทใกล้เคียงกันนำไปปรับใช้ได้การประกันคุณภายในของโรงเรียนปากเกร็ด มี ๓ ขั้นตอน ดังนี้

             ๑) การควบคุมคุณภาพ โดยโรงเรียนปากเกร็ดได้กำหนดมาตรฐานของโรงเรียนสอดคล้องกับมาตรฐาน          การประกันคุณภาพของ สมศ. สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กำหนดค่าเป้าหมายของแต่ละมาตรฐานอย่างชัดเจนได้รับความเห็นชอบจากคณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐานและประกาศใช้ในสถานศึกษาในระบบออนไลน์และรูปเล่ม เพื่อเผยแพร่ต่อสาธารณะชน กำหนดวิสัยทัศน์ เป้าหมาย จุดเน้น กลยุทธ์และเป้าหมายกลยุทธ์จัดทำแผนงานโครงการให้ครอบคลุมคุณภาพที่กำหนด

           ๒) การตรวจสอบคุณภาพ  โรงเรียนปากเกร็ดกำหนด ให้มีการตรวจสอบ และติดตามการดำเนินงานของกลุ่มบริหารต่าง ๆ ให้เป็นไปตามมาตรฐานของโรงเรียน โดยผ่านการมอบหมายหน้าที่ให้กลุ่มบริหาร และกลุ่มสาระการเรียนรู้ต่าง ๆ ตรวจสอบคุณภาพการปฏิบัติงานของตนเองอยู่เสมอ ทั้งรูปแบบการจัดประชุม การนิเทศ การประชุมประจำเดือน การรายงานผลการปฏิบัติงานเมื่อเสร็จภารกิจ หรือกิจกรรมตามแผนงานโครงการ  

           ๓) การประเมินคุณภาพ  โรงเรียนปากเกร็ดแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินงานติดตาม ประเมินผลการใช้มาตรฐานการศึกษาขั้นพื้นฐาน เพื่อการประกันคุณภาพภายในสถานศึกษามีการประชุมจัดทำแผนพัฒนาคุณภาพการศึกษา ระยะ ๔ ปี และแผนปฏิบัติการประจำปีการศึกษา โดยผู้เกี่ยวข้องมีส่วนร่วมในการกำหนดกลยุทธ์/โครงการ/กิจกรรมที่สอดคล้องกับมาตรฐานการศึกษา คอยกำกับ ติดตาม อำนวยการ ให้การสนับสนุนการดำเนินงาน และแก้ปัญหาที่อาจเกิดขึ้นจากการดำเนินงาน มีการติดตาม ตรวจสอบ ปรับปรุงพัฒนาอย่างต่อเนื่อง เพื่อให้บรรลุเป้าหมายตามมาตรฐานที่

กำหนดไว้