SMK Seri Saujana ditubuhkan pada 3 Januari 2001 dengan  tenaga pengajar hanya seramai 26 orang guru sahaja. Pada awalnya, sekolah ini  menumpang di Sekolah Kebangsaan Bandar Baru Seri Petaling 2 kerana pembinaan sekolah  masih belum siap sepenuhnya.  Pada tarikh 6 Jun 2001, akhirnya SMK Seri Saujana berpindah ke bangunan sendiri dengan megahnya di Jalan Mesra Ria, Bandar Baru Seri Petaling, 57000 Kuala Lumpur.

Bermula dengan  satu sesi  pada tahun 2001 dan  bilangan  murid  seramai 400 orang, SMK Seri Saujana  mula berkembang dan bertambah maju serta menjadi tumpuan dan tarikan ibu bapa untuk menghantar anak mereka ke sekolah ini.  Pada tahun 2004, diwujudkan dua sesi persekolahan untuk menampung bilangan murid yang semakin ramai melebihi 1800 orang. Sesi pagi diperuntukkan untuk murid tingkatan 3, 4 dan 5. Manakala sesi petang untuk murid peralihan, tingkatan 1 dan tingkatan 2.

Seiring dengan kemajuan ICT, SMK Seri Saujana membina makmal komputer dan bilik akses untuk kemudahan guru dan murid. Sebuah dewan tertutup juga dibina di samping dua dewan terbuka yang sedia ada untuk melaksanakan pelbagai aktiviti dan program dengan lebih kondusif, selesa dan berkesan. Lain-lain kemudahan infrastruktur juga turut ditambahbaik dari semasa ke semasa menjadikan SMK Seri Saujana serba lengkap dan ceria.