Pada asalnya sekolah ini terletak di Kampung Kabatang Lama iaitu satu perkampungan yang terletak di antara Kg. Lanas dengan Kg. Mansiat. Sekarang ini tempat tersebut dikenali sebagai Nandagan. Nandagan merupakan pusat Lembaga Tabung Getah Sabah.

Apabila penduduk Kg. Kabatang Lama berhijrah ke kawasan ini pada awal tahun 1970-an, maka sekolah yang ada di Kampung Kabatang Lama telah ditutup. Ini disebabkan semua murid yang bersekolah di Sk. Kabatang Lama telah berpindah ke Skim Tanaman Kopi di Kg. Kabatang Baru sekarang ini.

Pada mulanya bangunan sekolah hanya dibina oleh orang-orang kampung. Orang yang bertanggungjawab membawa penduduk berpindah ke Kg. Kabatang Baru ini ialah K.K Yunting Gewodong dan K.K Gimbang Agu. Mereka jugalah yang berusaha membawa orang kampung bergotong royong mendirikan bangunan sekolah di penempatan baru mereka ini.

Pada awal tahun1980-an kerajaan telah menambah bangunan sekolah dan rumah guru. Seterusnya pada tahun 1990-an Sk Kabatang Baru mempunyai tiga buah bangunan kelas, empat buah bangunan rumah guru, sebuah mini dewan, sebuah dapur RMT serta sebuah bangunan serbaguna.

Pada tahun 2008 sebuah bangunan untuk kelas prasekolah telah mula dibina dan mula beroperasi pada awal tahun 2009. Pada tahun 2009 juga kerajaan telah mendirikan tiga buah bangunan kelas kebin. Kelas kebin ini menempatkan enam buah bilik darjah. Pada awal tahun 2010 kelas kebin ini mula digunakan.

Prasarana sekolah ini terus berkembang dengan pembinaan sebuah dewan terbuka dan sebuah dapur RMT yang lebih selesa pada tahun 2015. Tahun berikutnya Sekolah ini telah mendapat peruntukan pembinaan lorong pejalan kaki yang beratap memudahkan pergerakan guru dan murid dari kelas-kelas ke bangunan pejabat dan sebagainya. Pagar sekolah juga dibina menjadikan keadaan keselamatan sekolah lebih terjamin.