Peranan media di Malaysia sudah tentu menjadi salah satu punca berkembangnya fenomena Islamofobia. Pandangan negatif dan salah faham terhadap Islam seperti larangan memasuki masjid oleh orang bukan Islam, bantahan orang bukan Islam membaca ayat al-Quran di dalam perucapan umum, kes memijak kepala lembu dan lain-lain telah menyuburkan lagi Islamofobia di Malaysia. Media juga kerap memaparkan aksi-aksi keganasan yang dilakukan orang islam tanpa mengimbangkannya dengan jenayah bukan Islam. Media secara asasnya masih tidak berkesan dalam membetulkan persepsi Islamofobia ini. Bahkan kerap kali media ini menayangkan program-program yang berunsurkan anti-Islam termasuk filem dan drama yang menimbulkan kekeliruan terhadap Islam.

Tuntasnya, kefahaman yang baik tentang islam ini masih kurang dalam kalangan masyarakat di Malaysia. Perkara ini sangat membimbangkan khususnya kepada kalangan orang Muslim. Masyarakat Islam selalu terdapat salah faham tentang hukum-hukum Islam seperti undang-undang hudud, pewarisan dan hak-hak wanita. Selain itu, masyarakat tidak tahu dan sering salah faham tentang beberapa prinsip syariah yang wajib kita patuhi seperti pewarisan dan faraid yang berpotensi ramai masyarakat cuba untuk menolak serta mempertikaikan ajaran Islam yang sebenar. Oleh hal demikian situasi ini boleh menimbulkan persepsi atau anggapan negatif orang bukan Islam terhadap amalan dan kepercayaan yang diamalkan dan diterima oleh umat Islam yang sebenar. Tegasnya, isu menindas khususnya kepada golongan wanita juaga menjadi punca Islamofobia di Malaysia.