Antara punca pemisahan Singapura daripada Malaysia ialah berlaku masalah perkauman antara UMNO dan PAP. Setelah menyertai Malaysia, orang Melayu di negeri itu berasa diri mereka diabaikan dan kerajaan Singapura tidak mengambil tindakan untuk membaiki kedudukan mereka. UMNO Singapura mengecam tindakan kerajaan PAP yang dianggap bertindak secara kejam dan pilih kasih. Pada bulan Mei 1965, Lee Kuan Yew menubuhkan Malaysian Solidarity Convention sebagai satu pakatan dikalangan parti pembangkang. Beliau menyeru untuk mewujudkan satu persamaan hak bagi semua melalui satu ideologi politik, sosial dan ekonomi yang sama untuk semua kaum.

Selain itu, punca yang kedua ialah apabila Singapura tidak berpuas hati dengan cadangan tambahan cukai yang perlu diberikan kepada kerajaan Persekutuan. Cadangan ini telah dibantah oleh Singapura kerana mengikut perjanjian Malaysia, terdapat satu persetujuan bahawa sehingga bulan Disember 1968. Pada bulan Disember 1964, apabila kerajaan Persekutuan membentangkan belanjawan bagi tahun 1965, terdapat pelbagai cukai baharu yang dikenakan. Kerajaan Singapura membantah pengenalan cukai-cukai baharu kerana mereka dikatakan tidak dibawa berunding terlebih dahulu. Pada akhir bulan Februari 1965, Menteri Kewangan, Tan Siew Sin mengarahkan para pengusaha di Singapura berunding dahulu dengan kerajaan Persekutuan tentang perlindungan tarif, sebelum membuka kilang. Arahan ini menimbulkan kemarahan para pengusaha di Singapura sehingga mendapat liputan media yang meluas.

Akhir sekali, pemisahan Singapura berlaku apabila terdapat persaingan politik antara PAP dan MCA. Lee kuan Yew telah menyatakan bahawa kegiatan politik PAP hanya terbatas di Singapura dan PAP tidak bercadang untuk mengambil bahagian dalam pilihanraya di anah Melayu dalam tempoh lima tahun selepas penyatuan. Namun, PAP mengubah keputusan itu dan bertanding dalam pilihanraya umum di Tanah Melayu pada tahun 1964. Tunku Abdul Rahman menegaskan bahawa PAP tidak diperlukan di Tanah Melayu atas sifatnya sebagai sebuah parti perkauman Cina. Penglibatan PAP yang terlalu awal dalam kegiatan politik di Tanah Melayu juga menjejaskan perpaduan kaum, terutama hubungan UMNO dengan MCA. Malahan, PAP dikatakan berminat untuk menggantikan MCA bagi mewakili kaum Cina dalam Kerajaan Perikatan.

Tragedi yang berlaku pada 13 Mei 1969 ini merupakan satu titik hitam dalam sejarah negara Malaysia. Peristiwa ini berlaku apabila Dr. Tan Chee Khoon dari parti Gerakan telah menang besar di kawasan Batu, Selangor. Beliau mengadakan perarakkan yang menyebabkan kesesakan jalan raya di sekitar Kuala Lumpur. Dikatakan kaum Cina yang menang telah berarak dengan mengikat penyapu kepada kenderaan mereka sebagai lambang kemenangan mereka menyapu bersih kerusi sambil melaungkan slogan dan ada yang mencaci dan meludah dari atas lori ke arah orang Melayu di tepi-tepi jalan. Perkara ini telah mengancam orang melayu yang berada di Kampung Baru kerana perarakkan ini berlaku di sepanjang jalan Campbell sehingga jalan Hale yang menuju ke Kampung Baru.

Selain itu, peristiwa ini juga tercetus apabila isu-isu perkauman yang menyentuh emosi dan sentimen menjadi tema utama sepanjang kempen pilihanraya. Calon-calon pilihan raya serta ahli-ahli politik terutamanya daripada parti pembangkang, telah membangkitkan soal-soal sensitif berkaitan dengan Bahasa Kebangsaan, kedudukan istimewa orang Melayu sebagai Bumiputera dan hak kerakyatan orang bukan Melayu. Hal ini telah menimbulkan perasaan perkauman dan syak wasangka. Penyokong-penyokong Parti DAP telah mengutuk dan menghina orang-orang Melayu semasa mengadakan perarakan di jalan-jalan raya di sekitar Kuala Lumpur.

Akhir sekali, peristiwa ini berlaku kerana UMNO telah mengadakan perarakan balas pada pagi 13 Mei 1969. Hal ini adalah kerana perasaan emosi yang tinggi dan kurangnya kawalan dari kedua-dua pihak. Dato' Harun Idris selaku Menteri Besar Selangor ketika itu cuba mententeramkan keadaan namun mereka yang berkumpul telah membawa senjata pedang dan parang panjang dan hanya menunggu arahan daripada beliau untuk memulakan acara. Rusuhan besar terjadi dan perintah darurat dikeluarkan dan semua orang tidak dibenarkan keluar dari rumah.

Langkah-langkah yang perlu diambil untuk mengukuhkan perpaduan dalam kalangan rakyat ialah rakyat haruslah bergaul dan memupuk persefahaman antara kaum. Ibu bapa perlulah sentiasa menerapkan nilai-nilai perpaduan dalam diri anak-anak sejak kecil lagi. Bak kata pepatah, “melentur buluh biarlah dari rebungnya”. Hal ini boleh dilakukan dengan menghantar anak-anak ke sekolah kebangsaan berbanding sekolah vernakular. Dengan ini, perkara ini dapat memberikan pendedahan kepada anak-anak untuk bergaul dengan pelbagai kaum yang terdapat di Malaysia sejak awal lagi.

Seterusnya, rakyat Malaysia hendaklah menghindari sebarang tindakan yang boleh mencetuskan provokasi kaum. Walaupun rakyat diberi hak kebebasan bersuara, mereka haruslah tidak mengambil kesempatan dengan mencetuskan isu-isu sensitif dan kontroversi yang dapat merosakkan rasa muhibah dan perpaduan. Hal ini boleh dielakkan dengan menganjurkan aktiviti kemasyarakatan seperti gotong-royong. Kesannya, ini mampu menjamin kesejahteraan hidup warga setempat, dengan membuka ruang dan peluang komunikasi antara jiran tetangga berlainan bangsa.

Akhir sekali, institusi-institusi pendidikan perlu bertanggungjawab menerapkan semangat bersatu-padu dalam kalangan pelajar berbilang kaum. Guru-guru hendaklah membahagikan pelajar secara berkumpulan dalam melaksanakan projek-projek sekolah, seperti kajian sains, persembahan, dan sambutan-sambutan majlis di sekolah. Dalam proses menjayakan inisiatif-inisiatif tersebut, guru tidak boleh mencetuskan isu-isu sensitif semasa mengajar, misalnya dengan mengagung-agungkan warisan budaya sendiri dan mengejek budaya kaum lain. Kesimpulannya, pelajar-pelajar dan guru-guru perlulah bekerjasama demi menzahirkan semangat perpaduan di peringkat sekolah.