陽明醫學院創校，與臺北榮總擴張計畫息息相關。1969年，臺北榮總迎來建院後第一期五年發展計畫。為了打造榮總為一流醫療機構，院長盧致德認為，設立附屬醫學院是未來發展趨勢。榮總在國防部與退輔會的協助下，選定院區後山用地為醫學院預定地，並命名為「陽明醫學院」，彰顯總統蔣中正喜愛王陽明學說及校區位於陽明山山麓之意。礙於退輔會與榮總並無籌辦國立大專院校的資格，因此整體建校方針最終改由教育部主導，退輔會與榮總則設立籌備處，負責校地選址、使用與硬體建設等工作。

唭哩岸山標高165公尺，山區富含石英砂岩，自清代以來即為北投打石業的聚集地。但在陽明醫學院籌備計畫啟動後，該地被指定為校區預定地，因此屢與石作工會爆發多次衝突。為使校區建設順利執行，籌備處與石作工會歷多次協商，最終以發放工會成員救助金達成協議。北投地區傳統採石業，在陽明建校後，自此走入歷史。