陽明醫學院公費制度原為榮總補充院內醫師人力，仿照國防醫學院公費制度，招收部分公費生，至所屬醫院服務六年，當教育部介入陽明醫學院的籌辦後，為配合國家公共衛生政策的需求，將公費制度擴大至醫學系全體學生。

公費生畢業後，會分發至退輔會體系或衛生署體系實習。進入退輔會體系者，係分發至榮總與榮民醫院服務，填補院內專科醫師的空缺，榮總另調高服務津貼措施，吸引學生進入「人才羅致困難科」受訓；進入衛生署體系者，則接受省市立醫院家醫科或專科醫師訓練，分發前往衛生署轄下的地方醫院與鄉鎮衛生所，以解決偏鄉醫療問題。

分發辦法經過陽明醫學院、退輔會、衛生署等多方協調後，由教育部於1981年召開公費生分發服務會議，確定各單位的分配名額與分段輪調事項。依照作業要點，公費生將依成績高低，進入退輔會或衛生署系統下的教學醫院。榮總為一級醫院，可以保證訓練的品質，而衛生署旗下各醫院良莠不齊，難以提供同等的教學內容，加上為了符合國家的需要，各單位提供的缺額有科別限制，讓學生為了選填志願，產生人際關係上的糾紛。

自1987年起台灣醫學院校校長組成「美國醫學考察團」赴美考察後，即有將醫學院改制為醫科大學的倡議。在教育部的推動下，歷史包袱最少的陽明醫學院成為第一所改制的實驗點。在第三任韓韶華院長任內，陽明校方將改制大學的方向定調為兼顧通識教育、基礎與臨床醫學研究，並依循教育部的指示，凸顯生命科學與傳統醫學研究特色。在改制過程中，教育部 所指示的醫學大學改制名稱，卻意外受到行政院的挑戰。在教育部與行政院的協調下，1994年，最終獲准以「陽明大學」的名稱正式改制為大學。