高校生物で習う内容ですが、ひとつのアミノ酸に対して複数のコドン(遺伝子)が対応します。つまり、対象タンパク質のアミノ酸配列に対する遺伝配列は複数あるはずです。逆に遺伝子配列に対してもそれに対応するアミノ酸配列は複数あるはずです。
仮に新型肺炎の原因がスパイクたんぱく質だったとすると、それに対応する遺伝子配列は複数考えられ、それがコロナウィルスに合致したからといって、ほかのウィルスにも合致する可能性もあるため、すべてのパターンを調べる必要があると思われます。
仮に新型肺炎を起こしている患者さんの体内で、コロナウィルスが増殖していたとして、その遺伝物質に対応するものがスパイクたんぱく質だけとは限らないため、体内に存在するすべての物質を検証する必要があると思われます。