Os e-mails são organizados em caixa de mensagens, cada qual com uma função específica de agrupar determinados tipos de mensagens. Vejamos abaixo as principais caixa de mensagens (comuns na maiores dos e-mails).

• Caixa de Entrada: área onde encontramos os e-mails recebidos. Alguns serviços de e-mail organizam a caixa de entrada em guias, que indicam a natureza da mensagem, o Gmail é um exemplo disso, pois permite que as mensagens sejam organizadas nas guias 'Principal', 'Social', 'Promoções', 'Atualizações' e 'Fóruns'.

• Enviados (Caixa de Saída): área onde encontramos os e-mails que foram enviados.

• Lixeira: Mensagens que foram excluídas pelo usuário.

• Rascunhos: Mensagens que começaram a ser editadas, mas não foram enviadas e nem excluídas.

• Spam (lixo eletrônico): Mensagens “indesejadas”, não solicitadas pelo usuário. O próprio e-mail filtra e coloca no spam ao invés da caixa de entrada.