O IF Sudeste de Minas Gerais, Campus Barbacena, conta com um diretor geral e cinco diretores sistêmicos, conforme descrito a seguir:

• Geral: planejar, executar, coordenar e supervisionar as políticas de ensino, Regimento Interno pesquisa, extensão e administração do Campus Barbacena, em articulação com as PróReitorias e Diretorias Sistêmicas;
• Administrativa: . É o órgão executivo que planeja, superintende, coordena, fomenta e acompanha as atividades e políticas de Administração e finanças do Campus Barbacena.
• Desenvolvimento: A Diretoria de Desenvolvimento Institucional é o órgão executivo que planeja, superintende, coordena, fomenta e acompanha as atividades e políticas de desenvolvimento
• Ensino: É o órgão executivo que planeja, superintende, coordena, fomenta e acompanha as atividades e políticas de ensino
• Extensão: É o órgão executivo que planeja, superintende, coordena, fomenta e acompanha as atividades e políticas de extensão, relações com a sociedade e assistência aos discentes. A Direção de Extensão é uma diretoria sistêmica do Campus Barbacena, composta pelas Coordenações de Relações Institucionais, de Estágio e de Assistência Estudantil.
• Pesquisa: A Direção de Pesquisa, Inovação e Pós-graduação é o órgão executivo que planeja, superintende, coordena, fomenta e acompanha as atividades e políticas de pesquisa, inovação e pós-graduação.