En 1951, el Ingeniero Gonzalo Ortiz de Zárate, miembro numerario del Opus Dei, llegó a la Ciudad de Culiacán. Fueron largos días y meses en los que se platicaba y soñaba entre sus amigos la creación de una escuela que, tiempo después, se concretaría primero en el Colegio y un año después en el Instituto.
En 1954, se constituye el Patronato de los Colegios Chapultepec, para hacer realidad este importante proyecto de los Colegios. Fue encabezado por los señores Héctor Peña Bátiz, Lic. Rodolfo Esquer Lugo, Sr. Luis Guillermo Echavarría Rojo, Sr. Raúl Bátiz Echavarría y apoyados por un número importante de padres de familia de Culiacán, entre los que contamos al Sr. Miguel Espinoza de los Monteros, Ing. Eduardo Fernández, Sr. Tomás Inukai Tomida, Sr. Agustín Aragón Padilla, Sr. Javier Tolosa Aguilar, Sr. Atilano Bon Bustamante, Sr. Emeterio Ruiz Andrade y el Sr. Ricardo Tamayo Müller.
Con la generosidad del Ing. Ortiz de Zárate, los miembros del patronato y muchas familias simpatizantes, se hizo posible la construcción del Instituto Chapultepec.
En septiembre de 1956, abre sus puertas el Instituto Chapultepec, teniendo como primer Director General a Don Manuel García Galindo, originario de Chihuahua y capacitado en Gaztelueta, escuela ubicada en Bilbao, España, primera Obra corporativa del Opus Dei en el mundo; el Instituto sería la segunda.
En el curso escolar anterior estas familias habían puesto en marcha las actividades de un colegio para niñas y que en su primer curso, recibían en sus aulas a un grupo de niños y niñas de kínder, así como de primero y segundo de primaria; impulsaron enseguida la fundación del Instituto Chapultepec con el fin de solucionar el apremiante problema de proporcionar a sus hijos, una institución educativa que les secundara en su propósito de formar a sus hijos humana, intelectual, cultural, religiosa, social y deportivamente, inspirados en una visión trascendente de la vida.
El instituto inició sus labores con alumnos desde 3er, año de primaria, fue aumentando un año cada curso escolar, de tal manera que para el curso 1958-59, contaba ya con seis años de primaria. En septiembre de 1959 ya tenía el primer grupo de secundaria. En 1962, se inició la escuela preparatoria, y en junio de 1964 egresa la Primer Generación de Bachilleres.
Hoy como entonces, gracias al impulso y la entrega de padres de familia, profesores y alumnos, seguimos adelante, siempre a más, contribuyendo a formar excelentes personas, líderes y muy buenos profesionales capaces de dejar a México en el mejor de los lugares.
En el año 1990, se inaugura el edificio de preparatoria, construido al norte de la ciudad, por el libramiento Pedro Infante. El proyecto en su construcción, es sacado adelante gracias a la labor de un grupo de padres de familia del Instituto.
Los edificios e instalaciones corresponden en su proyecto al Arq. Jorge Guillermo Ruíz y en su construcción estuvieron al frente los exalumnos Enrique Valenzuela y Ramón Guillermo López Díaz.
En el año 2007 nace al sur de la ciudad, en el fraccionamiento La Primavera, una sede completamente nueva gracias al impulso de un grupo de ex-alumnos y padres de familia, iniciando con 6 grupos de primaria y actualmente ofreciendo hasta High School, dando servicio a más de 400 alumnos.
El 30 de junio de 2019 cierra sus puertas la Sede Ponce de León que albergó al Instituto desde su fundación en 1956. Es en este año cuando la imponente nueva Sede Norte del Instituto Chapultepec ubicada por la salida a Imala abre sus puertas para recibir a los estudiantes de todos los grados de Elementary, Middle y High School.