各教室に大型テレビとプロジェクターが完備されています。また、指導者用タブレットPCが配備されており、児童生徒の情報活用能力の育成を目指し、１人１台端末を活用した学習に取り組んでいます。

　本校は、教育課程を柔軟に編成できる特例校です。小中９年間の英語教育。生活科・総合的な学習の時間に替わる、本校独自の領域「ふるさと科」を設定しています。

　豊かな自然環境・人的資源を活かした体験活動ができることも本校の特色です。磯遊び（小１）や貝掘り・海洋調査（中１）、遠泳大会など能古島でしかできない活動や行事を行うことができます。

　中学校教員が、小学校の授業でティーム・ティーチングを行ったり、教科担任として授業を担当したりしています。小学校教員と中学校教員が、卒業までに児童生徒につけていくべき力、１単位時間でつけたい力などについて共通理解を図りながら指導にあたっています。