นอกจากความยิ่งใหญ่และงดงามขององค์พระพุทธรูปแล้ว พื้นที่พุทธมณฑลประจำจังหวัดสุพรรณบุรีแห่งนี้ ยังมีประวัติความเป็นมาที่ยาวนานนับพันปี โดยมีการสันนิษฐานเชื่อมโยงไปถึงช่วง 300 ปีหลังการเสด็จดับขันธปรินิพพานของพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ในยุคนั้น พระโมคคัลลีบุตร ติสสะเถระ ได้เป็นประธานในการทำสังคายนาพระธรรมวินัยครั้งที่ 3 ภายใต้พระบรมราชูปถัมภ์ของ พระเจ้าอโศกมหาราชแห่งอินเดีย และได้มีการส่ง พระโสณะเถระ และพระอุตตรเถระ เดินทางมาเผยแผ่พระพุทธศาสนาในดินแดนสุวรรณภูมิ การเดินทางมาในครั้งนั้นได้มีการสลักจารึกภาษาสันสกฤตโบราณบนแผ่นศิลาไว้ว่า “ปุษยคิริ หรือปุษยคีร” ซึ่งแปลว่า ภูเขาดอกไม้ เนื่องจากบนภูเขาแห่งนี้เต็มไปด้วยดอกไม้ป่าที่สวยงามอย่างน่าอัศจรรย์ เช่น ดอกสุพรรณิกา (สมอฝ้าย) และดอกงิ้วป่าสามสี ที่น่าทึ่งไปกว่านั้นคือ ชื่อ “ปุษยคิริ” นี้ ยังไปพ้องกับชื่อของภูเขาปุษยคีรีสังฆาราม ในเมืองสาญจี รัฐโอริสสา ประเทศอินเดีย อีกด้วย จึงกลายเป็นที่มาของชื่อพระพุทธปุษยคีรีศรีสุวรรณภูมิในปัจจุบัน

นอกจากองค์พระพุทธรูปที่ตั้งตระหง่านสะดุดตาแล้ว เมื่อเดินอ้อมมาทางด้านหลัง จะพบกับอุโมงค์ขนาดใหญ่ที่มีความกว้างถึง 20 เมตร และลึก 50 เมตร ซึ่งทันที ที่ย่างเท้าก้าวเข้ามาภายในอุโมงค์ ทุกคนจะได้สัมผัสกับสายลมเย็นสบายที่พัดผ่าน ชวนให้รู้สึกถึงความร่มเย็นเป็นสุขของสถานที่แห่งนี้ได้อย่างแท้จริง