一、創校
本校創立於民國六十四年，定名為「臺北市木柵區指南國民小學」，編制六班，學生306人，借讀木柵國小，簡進財先生為首任校長，為木柵鐵觀音觀光茶區茶農孩子就讀之社區小學，擔負茶山農家子弟教育重責，並成為社區文化中心，民國七十九年三月配合台北市行政區調整，本校更名為「臺北市文山區指南國民小學」。
二、學校沿革
64/08/01 本校成立定名為「臺北市木柵區指南國民小學」，編制六班
65/08/01 第一期校舍工程，普通教室9間竣工。師生遷入現址上課。
66/08/01 擴建音樂、自然、美勞專任教室各乙間、川堂及陽台。
67/08/01 增建司令台乙座，並改善溪岸堤防工程和給水設備。
71/08/01 木柵區公所基層建設，河溝加蓋，擴建運動場，並完成綜合球場。
720/8/01 重修堤岸及圍牆。
76/08/01 成立資源班1班，原社會教室改為資源教室。（81年8月資源班停辦）
77/08/01 成立附設幼稚園1班。（中、大班混齡教學）。
79/03/01 因臺北市行政區調整，本校更名為「臺北市文山區指南國民小學」
79/11/01 提出田園課程實驗計畫，成立校園美化綠化小組。
80/03/01 開放自由學區就學，「田園課程實驗工作正式實施」。
80/07/01 申請教育部中小學科學教育研究專案，出版「指南山區鳥類與蝶類資源調查研究」研究專輯。
80/10/01 屋頂防漏工程、給排水工程、防風雨窗台工程竣工。
81/10/01 岩盤、護牆整地工程竣工。
84/08/01 改隸臺北市，更名為臺北市文山區指南國民小學。
76/02/01 奉准附設幼稚園。
77/03/01 廚房、蓄水池修建工程竣工。
80/08/01 臺北市教育局指定試辦田園教學，擴大學區招生。
82/08/01 增設幼兒活動遮雨棚、增購球池。
89/08/01 校門更新整修工程完工。
90/08/01實施九年一貫課程，在山明水秀的環境中，培育「多元尊重，熱愛自然」的孩子。
97/08/01 後山駁坎安全工程增建完成。
97/12/20 屋頂防漏整修斜屋頂完成。
99/6 獲Innoschool全國學校經營創新獎競賽「課程與教學領導組」優等獎。
99/08/23 全校門窗更新整修完成。
99/09/10 耐震補強工程完工。
100/6獲優質學校--課程統整向度認證通過。
100/08/19 電源改善、網路線更新工程完工。
101/08/20 音樂、自然、英語、美勞教室、資源班教室內部整修。
101/11/03 校園生態池完工。
102/09/06 操場跑道更新。
102/07 102學習空間改善(風雨操場地坪、照明，鳥巢，一樓地磚)
102/11 獲教育111認證。
102/10 出版教師行動研究「指南國小體驗學習教學成果—陪孩子做中學：指南夥伴老師的成長記錄」
103/08/01 游惠音女士就任本校校長。
103/06 參加臺北市103年度教學卓越獎評選獲國小組優選，並代表臺北市參加教育部全國教學卓越獎評選獲國小組佳作。
103/08/30 校舍後側外牆及專科教室大樓屋頂防漏整修(監視器)
104/08/16 幼兒園教學環境改善工程
104/10/24 40週年校慶暨體育表演會
105/08/19 屋頂防漏、校舍北側外牆改善、甲、乙樓梯改善、校門口排水溝施作
105/08/19 教研室改善
105/08/19 電子圍籬建置
106/05/27 臺北市106年度優質學校--學生學習向度優質獎
106/06/05 106學年度一年級額滿
106/06 活動中心設施整修及教室走廊洗手臺與門扇改善(教室三合一門)
107/07 校長室、行政辦公室、健康中心和樹屋改善工程(丙梯止滑劑)
108/07 108集合場及校園環境整修與幼兒園廁所整修工程(一樓廁所、樹屋下樹穴粉刷、校園南側紙模地坪)(不含pu跑道)
108/07 108小學、幼兒園大型遊具
112/07 112屋頂防漏工程及廚房整修工程
三、發展
自民國七十九年以來，本校以體制內小學試行田園開放教育，融入夏山學校、森林小學自由開放、愛心教導等回歸教育本質之教育精神，落實教育先哲杜威先生所揭示「教育即生活」之生活學習教育理念，在全校教職員工、家長與社區人士的合力經營下，規劃多元實作學校本位課程，以多元活潑之方式教學，深獲各界肯定與好評，成為台北市南區唯一常態性實施田園開放課程之田園小學。
近年本市教育局大力推展體驗學習活動，本校以十年田園開放課程實作經驗，不論在社區資源調查、體驗學習方式設計、活動教學規劃均稍有心得，因此本著資源共 享及經驗交流心念，積極參與體驗學習方案的推展，民國八十九學年度開始加入暑期體驗學習夏令營活動，成為體驗學習方案種子學校。
自九十學年度起，本校積極配合九年一貫課程推行，統整過去多年來社區資源及田園教學素材精華，建立系統化學校特色課程，深獲教育局及各方肯定，並分別於九十學年度獲得學校課程計畫佳作獎、九十一學年度榮獲學校課程計畫優等獎、九十二學年度上、下學期及九十三學年度上學期均榮獲課程計畫特優獎，並榮登教育部哈特網，九十九學年榮獲臺北市優質學校評選”課程發展“向度的優質獎。
自一百零四學年度開始，融入「以學生為主體」的元素，強化「家族混齡」的特色，發展家族任務挑戰活動，建構英語藝文節慶展演，綜合領域分別為「田園」、「教學輔」及「指南」三個時間架構，落實「以學生為主體的個性展能」、「採家族為型態來促進合作」的活動特性。
四、展望
本校雖受限於校地狹小與建築物樣式，然在校長領航下，全校師生及家長除珍惜校內擁有之各項資源，妥善規劃運用外，更廣泛蒐羅社區各項資源，積極規劃各種教學步道，並與當地茶農、社區發展協會、塯公基金會所主持之茶葉推廣中心及文山區木柵農會密切合作，在「學校、社區與家長三合一」的力量結合下，建立真正「教、訓、輔」整合，個性與群性並重的「快樂、希望」愛的校園。