Microbiota 16S/18S

Tipificación por amplicones (Taxonomic Amplicon Fingerprinting)

Secuenciación de una región variable del gen 16S o 18S ribosomal para conocer la microbiota existente en una muestra, tanto la cultivable como la no cultivable. La selección de la región a utilizar depende casi de los gustos personales, ya que éstas generan resultados similares, a pesar de que una sea más grande que la otra.

Entregables

• 80,000 secuencias para 16S-V3 o V4 y 60,000 18S-V9; por muestra en formato fastq (pair-end). Los parámetros de calidad de las secuencias serán >Q30, >148 bases y un traslape de al menos 8 bases. En caso de que algunas muestras no pasen estos criterios de calidad, se repetirán en la corrida próxima posible, por lo que el tiempo de entrega de esas muestras podría extenderse.

• Reporte de análisis de calidad de las secuencias.

• Análisis bioinformático.

Requisitos

• Muestra

  • Muestra preservada en etanol 96% fría.

• ADN

  • Cantidad ADN: 50 ng/ul y necesitamos al menos 20 ul, en buffer de elusión o 10mM Tris-HCl pH 8.5.

  • Calidad ADN:  260/280 > 1.8 and 260/230 >1.8

Análisis bioinformático

El análisis bioinformático incluye:

•  Limpieza de secuencias

• Eliminación de quimeras

• Clasificación de secuencias en OTUs

• Curvas de rarefacción

• Análisis de diversidad alfa y beta 

• Reporte en PDF

• No incluye interpretación de resultados.