Genómica

Secuenciación de genomas bacterianos a partir de una cepa pura o de un genoma viral. Se obtendrán secuencias pareadas (pair-end) de 2 x 150 nucleótidos a una profundidad de secuenciación aproximada de 30X para el bacteriano y 50X para el viral.

La profundidad podrá ser mejor calculada si se nos proporciona una posible identificación de la cepa para estimar el tamaño del genoma esperado.

Entregables

• Secuencias crudas en formato fastq.

• Secuencias limpias en formato fasta.

• Ensamble de secuencias en contigs con ORFs anotadas y clasificación taxonómica.

Requisitos

• Cepa pura, no nos hacemos responsables si la cepa no viene pura.

• o bien ADN con las siguientes características:

  • ADN a 50 ng/ul y necesitamos al menos 20 ul, en buffer de elusión o 10mM Tris-HCl pH 8.5, no en agua.

  • Calidad del ADN 260/280 > 1.8 and 260/230 >1.8

  • Es recomendable enviar una foto de un gel para ver la integridad del ADN

No es posible a priori saber si el ADN no proviene de una cepa pura por lo que se secuenciará como las recibamos, sin embargo, luego bioinformáticamente es posible obtener los genomas separados con alguna certeza pero podrían algunos contigs quedar no asignados a alguno en particular.

Para el genoma viral, solo se acepta ADN de buena calidad (ver arriba) e íntegro.

Tiempo de entrega

• 4 a 6 semanas, pero el tiempo puede variar dependiendo del número de muestras.