Metagenómica

Metagenomas shotgun

Secuenciación metagenómica, también llamada shotgun o funcional, de todo el ADN presente en una muestra por medio de la plataforma Illumina Miseq i100 (secuencias pair-end 2x150). Incluye la preparación de librerías con Nextera XT. El número de secuencias óptimo depende mucho de los objetivos del proyecto y del tipo de muestra de que se trate y la diversidad que pudiera tener. 

Opciones

• Baja profundidad. Útil para una muy buena clasificación taxonómica a nivel especie y dar una idea general de los genes presentes en la muestra (clasificación funcional).

• Profundidad estándar (1GB). Además de lo que se obtiene a baja profundidad, se puede obtener una buen clasificación funcional y posibilidad de obtener Genomas a partir de Metagenomas (MAGs por su siglas en inglés).

Entregables

• Baja profundidad: medio millón de secuencias pair-end en formato fastq.

• Profundidad estándar: un 3.4 millones de secuencias pair-end en formato fastq.

Nota. Se pueden obtener más secuencias, pero el precio tendría que ser ajustado. 

Requisitos

• Cantidad ADN: 50 ng/ul y necesitamos al menos 20 ul, en buffer de elusión o 10mM Tris-HCl pH 8.5.

• Calidad ADN:  260/280 > 1.8 and 260/230 >1.8

• Foto de gel de agarosa para ver la integridad del ADN

Análisis bioinformático opcional

 El análisis bioinformático opcional incluye: 

• Limpieza

•  Ensamble de secuencias

• Asignación taxonómica

• Asignación funcional de secuencias

• No incluye interpretación de resultados.

Tiempo de entrega

• 4 a 6 semanas, pero el tiempo puede variar dependiendo del número de muestras. Para pocas muestras no podemos prometer una fecha fija, pues dependerá de cuándo tengamos suficientes muestras para realizar la corrida de secuenciación.