MiSeqSOP

El set de datos MiSeqSOP.tar.gz contiene los siguientes archivos:

30 directories, 113 files

MiSeqSOP/

├── data.info

├── metadata.tsv

├── readymade

│   ├── assembled.2023-11-04_13:23

│   │   ├── F3D141.fna

│   │   ├── F3D142.fna

│   │   ├── F3D143.fna

│   │   ├── F3D144.fna

│   │   ├── F3D145.fna

│   │   ├── F3D146.fna

│   │   ├── F3D147.fna

│   │   ├── F3D148.fna

│   │   ├── F3D149.fna

│   │   ├── F3D150.fna

│   │   ├── F3D1.fna

│   │   ├── F3D2.fna

│   │   ├── F3D3.fna

│   │   ├── F3D5.fna

│   │   ├── F3D6.fna

│   │   ├── F3D7.fna

│   │   ├── F3D8.fna

│   │   ├── F3D9.fna

│   │   ├── Mock.fna

│   │   ├── pair-end_cleaner.report

│   │   └── pair-end.csv

│   ├── chimera_detector.2023-11-04_15:59

│   │   ├── chimera_detector.csv

│   │   ├── chimera_detector.log

│   │   ├── chimera_detector.report

│   │   ├── F3D141.fasta

│   │   ├── F3D142.fasta

│   │   ├── F3D143.fasta

│   │   ├── F3D144.fasta

│   │   ├── F3D145.fasta

│   │   ├── F3D146.fasta

│   │   ├── F3D147.fasta

│   │   ├── F3D148.fasta

│   │   ├── F3D149.fasta

│   │   ├── F3D150.fasta

│   │   ├── F3D1.fasta

│   │   ├── F3D2.fasta

│   │   ├── F3D3.fasta

│   │   ├── F3D5.fasta

│   │   ├── F3D6.fasta

│   │   ├── F3D7.fasta

│   │   ├── F3D8.fasta

│   │   ├── F3D9.fasta

│   │   └── Mock.fasta

│   └── mg_classifier.EzBioCloud-LGM.2023-11-05_12:49

│       ├── diversity

│       │   ├── alpha_indexes.tsv

│       │   ├── alpha.txt

│       │   ├── beta.bray_curtis.sorted.txt

│       │   ├── beta.bray_curtis.tree

│       │   ├── beta.bray_curtis.txt

│       │   ├── beta.jaccard.sorted.txt

│       │   ├── beta.jaccard.tree

│       │   ├── beta.jaccard.txt

│       │   └── rare.txt

│       ├── mg_classifier.log

│       ├── mg_classifier.report

│       ├── mg_classifier.report.md

│       ├── OTUs_summary.tsv

│       ├── otus.tsv

│       ├── OTU_tables

│       │   ├── core_family.txt

│       │   ├── core_phylum.txt

│       │   ├── family.tsv

│       │   ├── genus.tsv

│       │   ├── otus.xls

│       │   ├── phyloseq

│       │   │   ├── otus_table.tsv

│       │   │   └── taxonomy_table.tsv

│       │   ├── phylum.tsv

│       │   ├── qiime_ampvis2

│       │   │   ├── otus.txt

│       │   │   └── OTU_table.tsv

│       │   ├── samples-tax.tsv

│       │   └── STAMP

│       │       ├── bacteria.spf

│       │       └── bacteria.win.spf

│       └── plots

│           ├── families_plot.csv

│           ├── phyla15_plot.csv

│           └── phyla_plot.csv

└── seqs

    ├── F3D1

    │   ├── F3D1_S189_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D1_S189_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D141

    │   ├── F3D141_S207_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D141_S207_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D142

    │   ├── F3D142_S208_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D142_S208_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D143

    │   ├── F3D143_S209_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D143_S209_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D144

    │   ├── F3D144_S210_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D144_S210_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D145

    │   ├── F3D145_S211_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D145_S211_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D146

    │   ├── F3D146_S212_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D146_S212_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D147

    │   ├── F3D147_S213_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D147_S213_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D148

    │   ├── F3D148_S214_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D148_S214_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D149

    │   ├── F3D149_S215_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D149_S215_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D150

    │   ├── F3D150_S216_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D150_S216_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D2

    │   ├── F3D2_S190_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D2_S190_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D3

    │   ├── F3D3_S191_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D3_S191_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D5

    │   ├── F3D5_S193_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D5_S193_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D6

    │   ├── F3D6_S194_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D6_S194_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D7

    │   ├── F3D7_S195_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D7_S195_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D8

    │   ├── F3D8_S196_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D8_S196_L001_R2_001.fastq.gz

    ├── F3D9

    │   ├── F3D9_S197_L001_R1_001.fastq.gz

    │   └── F3D9_S197_L001_R2_001.fastq.gz

    └── Mock

        ├── Mock_S280_L001_R1_001.fastq.gz

        └── Mock_S280_L001_R2_001.fastq.gz