赤来中学校生徒会は、本部(会長、副会長、議長、副議長、書記、会計)と3つの専門委員会(生活環境委員会、文化図書委員会、保健体育委員会)成り立っています。また、応援団(団長、副団長及び各学級2名程度の学級代表)も結成しています。