O Agrupamento de escolas D. Afonso III foi criado por despacho de 11-05-1999, de Sua Excelência o Secretário de Estado da Administração Educativa, no cumprimento do Decreto-Lei 115-A/98, reunindo as seguintes escolas do concelho de Faro: Jardim de Infância de Faro n.º 1; Jardim de Infância da Conceição; Escola E.B. 1 de Faro n.º 2; Escola E.B. 1 da Conceição e Escola E.B. 2, 3 D. Afonso III
No ano de 2007, o Agrupamento sofreu uma alteração, deixando de integrar o Jardim de Infância da Conceição e a Escola E.B. 1 da Conceição e tendo sido integrada a Escola Básica do 1º Ciclo de Alto Rodes.
Assim, o Agrupamento de Escolas D. Afonso III é constituído pela Escola Básica D. Afonso III (2.º e 3.º Ciclos - sede), Escola Básica do Alto de Rodes (1.º Ciclo) e Escola Básica do Carmo (Pré-escolar e 1.º Ciclo). Na escola sede funcionam ainda qutro turmas do 4.º ano.
EB D. Afonso III
EB do Alto de Rodes
EB do Carmo