Foi, porém e curiosamente, nesta fase de recessão que se construiu, em plena dominação filipina, um dos mais notáveis templos aveirenses: a Igreja da Misericórdia. Apesar de as Cortes de Coimbra terem escolhido, em 1385, um novo rei, João I de Portugal, o rei João I de Castela não desistiu de tentar ser rei por ser casado com a filha de D. Fernando e invadiu Portugal. O exército castelhano era muito mais numeroso mas, mesmo assim, foi derrotado na batalha de Aljubarrota graças à tática chamada de pé terra, que vinha sendo usada na Guerra dos Cem Anos. Com a vitória em Aljubarrota, o rei português afirmou-se como novo soberano. Em 1759, por Alvará Real de 11 de Abril, D. José I elevou Aveiro a cidade, poucos meses depois de ter condenado por traição, ao cadafalso, o seu último duque, título criado, em 1547, por D. João III. Foi feita Oficial da Ordem Militar da Torre e Espada, do Valor, Lealdade e Mérito a 29 de março de 1919 e Membro-Honorário da Ordem da Liberdade a 23 de março de 1998. Aveiro foi um dos principais portos envolvidos na pesca do bacalhau durante o período ditatorial.