Prije kraja prve godine kandidat zajedno s odabranim mentorom osmišljava temu doktorskog rada.  Tema disertacije mora biti originalna, u okvirima kompentencija predloženog mentora i imati znanstveni doprinos. Znanstveni doprinos može se definirati kao rezultat znanstvenog istraživanja koji ima za rezultat promjenu znanstvenih spoznaja neke znanstvene discipline. 

Teme kandidat prijavljuje putem Sveučilišnog obrasca;

 Obrazac dr. sc. - 01 - Prijava teme doktorskog rada - prijava putem sustava OBAD 

Naputci za ispunjavanje Dr.sc.01 obrasca 

Temu razmatra Odbor za poslijediplomske studije - doktorski studij i predlaže Povjerenstvo za ocjenu teme kejeg potvrđuje Fakultetsko vijeće.  Nakon pozitivne odluke FV kandidat pristupa javnoj obrani teme pred Povjerenstvom za ocjenu. Povjerenstvo procjenjuje prikladnost teme, suvremenost metoda, znanstveni doprinos i originalnost  predloženog istraživanja, temeljem čega prihvaća temu, predlaže izmjene ili odbija predloženu temu. 

Predsjednik povjerenstvo sastavlja ocjenu teme;

 Obrascu Dr.sc. - 02- Ocjena teme doktorskog rada, 

kojeg potvrđuje Fakultetsko vijeće.

Naputak za ispunjavanje Dr.sc.-02 obrasca

Za testiranje izvodljivosti planirane teme može se provesti Pilot istraživanje, no nikakako se ne smije provesti čitavo istraživanje jer se tijekom procedure prijave i javne obrane teme mogu sugerirati izmjene plana istraživanja u svrhu poboljšanja, a ponekad i prikladnosti neke teme za disertaciju. 

Kandidati su dužni prisustvovati barem trima javnim obranama tema prethodnih pristupnika prije svoje obrane teme.

Obrana teme podrazumijeva iznošenje prijedloga istraživanja pred predloženim Povjerenstvom i zainteresiranom publikom. Kandidat izlaže prijedlog tijekom 10-15 minuta uz pomoć nekog od prezentacijskih programa (PowerPoint, Prezzi...). Prezentacija mora sadržavati elemente navedene u Uputama za izradu prezentacije teme