Pri upisu, student upisuje metodološke ili granske predmete (I. i II. bodovna skupina) u ukupnoj vrijednosti od 36 ECTS bodova koje sluša tijekom 1 i 2 semestra. 

Nastava na odabranim kolegijima tijekom akademske godine može se odvijati od jedanaestog mjeseca pa sve do rujna te akademske godine. Obavijest o terminima održavanja nastave dobivaju se emailom, a prema potrebi, ukoliko je manja grupa studenata upisala kolegij, termin se može  individualno dogovoriti s nastavnikom.

Tijekom prve godine studija, student zajedno s predloženim mentorom razrađuje nacrt budućeg israživanja, planira prezentaciju svoje znanstvene aktivnosti na znanstvenim skupovima i objavljivanje publikacija tijekom studija, kako bi na vrijeme  izvršio svoje obaveze.

Tijekom druge godine studija, provode se konzultacije s mentorom, priređuju istraživački seminari i uvježbavaju prezentacijiske vještine sudjelovanjem na znanstvenim skupovima.

Nacrt doktorskog rada se prijavljuje tijekom 3. semestra doktorskog studija. 

Prije prijave nacrts potrebno je prijaviti istraživanje Etičkom odboru (link na Etičko). 

Nakon što je istraživanje odobrio Etički povjerenstvo, student uz suradnju i pomoć mentora popunjava Obrazac za prijavu nacrta doktorskog rada preko sustava OBAD - Obrazac DR.SC. 01 

Prijava nacrta se razmatra na Odboru za poslijediplomske studije - doktorski studij  (u daljnjem tekstu Odbor). Ukoliko se smatra potrebnim, nacrt se vraća na doradu, a nakon odobrenja teme od strane Odbora, imenuje se Povjerenstvo za obranu nacrta doktorskog rada. Fakultetsko vijeće na svojoj sjednici potvrđuje Povjerenstvo za obranu. Javna obrana teme se zakazuje najmanje tjedan dana nakon sjednice Fakultetskog vijeća na kojoj je odobreno Povjerenstvo. 

Da bi mogao pristupiti obrani teme kandidat mora prethodno prisustvovati na najmanje tri javne obrane tema.

Kandidat usmeno obrazlaže nacrt u zakazanom terminu koji je objavljen na oglasnoj ploči i mrežnim stranicama Fakulteta pred članovima odobrenog Povjerenstva, administratora Službe za poslijediplomske studije i prodekana za znanost, odnosno njegove zamjene, i nazočnih u publici.

Predložena tema se izlaže u trajanju od oko 10-15 minuta. Smjernice za sadržaj prezenetacije mogu se pronaći na slijedećoj poveznici: Upute za izradu prezentacije nacrta doktorskog rada. 

Nakon izlaganja, članovi Povjerenstva postavljaju pitanja kandidatu i daju svoje primjedbe u svrhu poboljšanja kvalitete disertacije.  Iza toga se Povjerenstvo povlači i odlučuje o prikladnosti teme za doktorski rad, kompententnosti predloženog(ih) mentora i eventualnoj potrebi za komentorm. Predsjednik Povjerenstva popunjava Obrazac za ocjenu doktorskog rada  DR.SC.02. - Ocjena nacrta doktorskog rada, najkasnije tri mjeseca nakon javne obrane.  Pri tome je neophodno naglasiti znanstveni doprinos rada i izvedivost  istraživanja.

Na slijedećoj sjednici Fakultetskog vijeća mentor ili jedan od mentora  izvještava o javnoj obrani teme, a Fakultetsko vijeće odlučuje o prihvaćanju izvješća Povjerenstva za obranu te potvrđuje predložene mentore. Tada predloženi mentor(i) postaje službeni mentor.

Služba za poslijediplomske studije šalje predmet na Sveučilište gdje se donosi konačna odluka o prihvaćanju teme na Vijeću biomedicinskog područja.

Tijekom treće godine studija osim aktivnosti koje se provode tijekom druge godine studija (konzultacije s mentorom, istraživački seminari i sudjelovanje na znanstvenim skupovima) glavna aktivnost bi trebala biti provođenje istraživanja vezanog uz disertaciju i publikacije znanstvenih radova.

Tijekom provođenja istraživanja, ukoliko doktorand ima potrebu za sufinaciranjem istraživanja, može podnijeti zahtjev na Obrascu za potporu u financiranju istraživanja Odboru za doktorski studij  koji će na slijedećoj sjednici razmotriti zahtjev.