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台灣近年來國際交流、旅遊頻繁及引進外勞等均使境外移入傳染病機會大幅增加，面對未來新興疫病之威脅，加上本土性傳染病亦蠢蠢欲動，當前我國防疫政策、檢疫、疫情監視及檢驗研究能力，已不敷疫病管制需求。
在高科技、國際化發展的大遠景之下，防疫工作必須具有整體性、迅速性、有效性及國際性之功能。因此，建立現代化防疫體系，維護國人健康，為各界期望本局成立之宗旨。
為因應傳染病型態變遷，整合防疫資源，建構防疫體系，以迎接二十一世紀挑戰，依「行政院衛生署疾病管制局組織條例」 (1999 年 2 月 3 日公布 ) ，合併原行政院 衛生署防疫處、預防醫學研究所及檢疫總所三單位，於八十八年七月一日成立疾病管制局。
※我們的期許與展望：
1. 結合民間資源，鼓勵民間參與。
2. 積極培養防疫尖兵，提昇防疫專業能力，以科學化的方式辦理疫病防治工作。
3. 建構完整的網路系統偵測疫情，加速工作的推動，迎向 21 世紀資訊時代。
4. 主動掌握國內、國際疫情資訊，迅速有效處理各種疫情，以危機總動員的機動性推動疫病防治。
5. 防疫無國界，健康是基本人權，應加強和世界各國合作，積極參與跨國防疫事務，申請加入各種國際衛生組織，如 WHO ，共同維護防疫安全。
6. 增加預防接種項目，並提昇預防接種完成率，以促進國民健康，預防傳染病感染。
7.引進防疫新科技，監測疫病，以防範新興傳染病出現，各項法定及報告傳染病通報率提昇至 80% 以上。
※理念：
防疫機動化：
主動積極的態度及危機處理的能力，隨時因應突發的疫情。主動掌握國內、國際疫情資訊，隨時備戰的心態，迅速處理各種疫情。
防疫資訊化：
建構完整的網路系統，包括法定傳染病通報系統、症候群通報系統及傳染病通報地理資訊系統、疾病網路監測系統、預防接種資訊系統等，以期經由網路系統的聯繫，使各防疫相關單位能在最短時間取得所需資料，有效且迅速地推動防疫工作。
防疫專業化：
將致力羅致專家，鼓勵研究，以科學化的方式辦理疫病防治，使各項措施透明化、客觀化，並將積極培養防疫尖兵、廣徵人才，提昇防疫專業能力。
防疫全民化：
各種傳染病皆有其預防的管道，唯有民眾正確的認識疾病及其預防方法，才能有效防治疫病的發生與散播。此外，防疫工作更需要全民的參予與配合，方克有成 。
防疫國際化：
積極參與國際防疫業務是本局未來努力的目標。建立與世界各國密切的聯繫管道與合作關係。以防疫當國民外交先鋒積極加入世界衛生組織。
※業務與職長：
1.防疫制度之規劃及法規之研擬事項。
2.各種疫病之預防、控制、調查及研究事項。
3.疫病爆發之應變處理事項。
4.國內疫病之通報及疫情監視事項。
5.國際疫情之蒐集、交換及報告事項。
6.防疫藥物之採購及管理事項。
7.預防接種之規劃、推動及受害救濟事項。
8.疫苗及生物製劑之製造、供應、研發及技術轉移事項。
9.各種疫病之檢驗事項。
10.疫病檢驗標準之訂定及檢驗認證事項。
11.國際港埠之檢疫及衛生管理事項。
12.營業衛生之規劃、推動及督導事項。
13.外籍勞工之衛生管理事項。
14.結核病之防治、社區巡迴檢查及個案追蹤管理事項。
15.地方衛生機關執行本局主管事務之指揮及督導事項。
16.疫病管制事務之國際合作及交流事項。
17.疫病管制專業人員之培訓事項。
18.其他有關防疫、預防醫學之研究與發展、檢疫及經行政院衛生署 (以下簡稱本署) 指定之疾病管制事項。
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