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Búsqueda de literatura en Pubmed utilizando MeSH
MeSH (Medical Subject Headings) es un vocabulario controlado organizado jerárquicamente en una estructura llamada MeSH Structure Tree que se utiliza para anotar cada artículo que se incorpora a Pubmed. Que el vocabulario sea anotado quiere decir que las anotaciones se deben hacer utilizando términos predefinidos, que están organizados en una estructura de árbol, desde los más generales a los más particulares.
Ejercicio. ¿Cuáles son los términos MeSH de esta publicación 21108039? ¿Qué son los términos con asteriscos?
La ventaja de realizar búsquedas utilizando MeSH es que las anotaciones se asignan a cada artículo de acuerdo a su contenido, independientemente de que ciertas palabras estén o no presentes en el título o en el abstract. Pro otrra parte, la búsqueda por palabras puede dar una cantidad de resultados muy grandes, pero poco específicos.
El vocabulario MeSH incluye cuatro tipos de términos principales. Lops encabezados (Headings en MeSH) son aproxidamamente 26.000 conceptos principales o descriptores. Estos términos son los que están organizados jerárquicamente. Luego siguen los sub-enbabezados (Subheadings) que son calificadores de los términos principales.
Para construir una búsqueda MeSH tenemos que encontrar primero los términos MeSH apropiados para nuestra búsqueda. Se puede hacer una búsqueda directamente, por ejemplo, desde la caja de búsqueda presente en la pagina principal del NCBI o en la pagina de inicio de Pubmed
Ejercicio. Encontrar términios MeSH que sirvan para encontrar artículos referidos a genes de resistencia a antibióticos en bacterias. Correr la búsqueda en Pubmed y comparar con una búsqueda por palabras claves.
En una búsqueda con términos MeSH se pueden combinar términos utilizando los operadores lógicos AND, OR y NOT. Para facilitar la construcción de estas consultas en la página de búsqueda de términos MeSH, a la derecha hay un "query builder":
Ejercicio: Realizar una búsqueda MeSH combinando términos para encontrar métodos de análisis de la expresión génica con técnicas de secuenciado de última genración ("High throughput nucleotide sequencing", en inglés).
Las búsquedas en PUBMED pueden combinar términos comunes con términos MESH.
Links útiles:
La página principal de MeSH: www.nlm.nih.gov/mesh/
El navegador de MeSH: www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
El árbol de MeSH: www.nlm.nih.gov/mesh/trees.html
Cómo guardar las búsquedas o los resultados de las búsquedas en PUBMED.
Para completar esta tarea tenemos que tener una cuenta en el NCBI y tenemos que estar logueados a esa cuenta.
Tenemos dos opciones, la primera es guardar los resultados de la búsqueda, para eso tenemos dos opciones para guardar los datos en nuestro espacio en el NCBI: desde el link "Send to" podemos guardar nuestra selección de artículos en una colección "collection" o en "My Bibliography, en la seccion "other citations". Una tercera opción es descargar las citas a un archivo con la opción "Citation Manager". EL archivo de texto que se genera contiene las citas en formato MEDLINE, que se puede leer con diferentes softwares de manejo de bibliografía.
Las colecciones se pueden modificar y decidir si serán públicas o privadas (por defecto son privadas). Para hacer esto hay que ir al enlace "My NCBI" en la parte superior derecha de la página.
Otra alternativa es guardar la estrategia de búsqueda para volver a correrla en otro momento. para esto tenemos que clickear sobre el link "Save search". A continuación, escribimos un nombre para nuestra estrategia de búsqueda y la guardamos. A continuación el sistema nos va a pedir que confirmemos y nos va preguntar si queremos correr actualizaciones de esa búsqueda. Esto es muy útil porque la búsqueda se puede correr automáticamente a intervalos regulares y recibir los resultados por e-mail. Si más adelante necesitamos necesitamos modificar la configuración de la estrategia de búsqueda, se puede hacer desde el link "My NCBI".
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