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En la búsqueda anterior nuestra consulta era: "fungal disease wheat". Esta consulta tiene algunos problemas ¿estamos buscando proteínas de trigo o de hongos? ¿Qué puede pasar con las proteínas codificadas por Triticum dicoccoides?, un pariente salvaje del trigo que es fuente de algunos genes de resistencia utilizados opr los mejoradores ¿Estamos buscando en la base de datos correcta?
Si la salida está compuesta por unas pocas proteínas no es un problema, pero cuando hay que revisar cientos de registros, es mejor diseñar con cuidado la consulta. La interfaz de usuario del NCBI permite construir una consulta más sofisticada ingresando operadores lógicos y especificar valores para los campos en la misma caja de texto donde hicimos nuestra primera consulta.
Los operadores lógicos que se pueden usar son AND, NOT, OR (siempre en mayúsculas)
Prueba 1. Ver cuantos registros (proteínas) devuelve estas dos consultas:
wheat OR infection
wheat AND infection
Para filtrar dentro de una categoría específica, utilizamos este formato valor[categoria]
Prueba 2. Comparar los resultados de estas dos consultas:
triticum AND infection
triticum[organism] AND infection
Se pueden hacer consultas más complejas separando las diferentes partes con paréntesis
Prueba 3. Comparar estas dos consultas
triticum[organism] AND infection
triticum[organism] AND (infection OR disease)
También es importante seleccionar la base de datos.
Prueba 4. Repetir alguna de las consultas anteriores, pero seleccionando la base de datos "Nucleotide"
¿A qué se deberán las diferencias?
No es necesario restringir las búsquedas por organismo sólo a género y especie; se pueden hacer búsqueda en taxones superiores. Las jerarquías taxonómicas que utiliza el NCBI se encuentran en www.ncbi.nih.gov/taxonomy.
Para terminar, vamos a hacer una búsqueda más compleja.
Prueba 5. Secuencias de ESTs con un largo de 1000 nucleótidos o más, depositadas entre 2001 y 2011 de especies de la tribu Triticeae que no sean T. aestivum.
(triticeae[orgn] NOT "triticum aestivum"[orgn] ) AND 1000:10000[slen] AND 2001:2011[mdat]
En este link pueden encontrar instrucciones para refinar búsquedas en los buscadores del NCBI, y en este otro, los códigos que se usan para nombrar los campos de búsqueda.
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