Embedded Files
Cuando realizamos búsquedas de secuencias, vamos a querer almacenar una parte o todos los registros que nos devuelve la base de datos. Si solamente nos interesa la información de unas pocas secuencias, podemos directamente cortar y pegar desde la interfaz del NCBI a un documento de un procesador de textos. Sin embargo, en la gran mayoría de los casos esta no es la mejor forma de trabajar.
Desde la página del NCBI hay varias formas de guardar secuencias, incluso se pueden almacenar en los mismos servidores del NCBI.
Un ejemplo
Hacemos una consulta para recuperar algunos genes de cebada (barley) relacionados con el malteado de los granos. En la primera página del NCBI seleccionamos la base de datos "Nucleotide", ingresamos los términos "barley malt" en la caja de texto, y hacemos click en el botón "Go".
Podemos seleccionar algunos resultados tildando el casillero que se encuentra a la izquierda:
En la parte superior vemos un desplegable que está seleccionado en "Summary" y otro que está seleccionado en "Send to". Estos son los controles que tenemos que modificar para guardar los resultados seleccionados (tres en este caso) en nuestro disco. Dejemos el primero como está y en el segundo seleccionamos "File". Repitamos la operación, pero cambiando el nombre de archivo y seleccionando en el primer desplegable FASTA. Tenemos dos archivos, con diferente información pero referida a las mismas sequencias.
Como guardar los resultados en el servidor del NCBI
Una forma de guardar datos en forma transitoria es utilizar el clipboard del NCBI: en el desplegable "Send to" hay una opción que dice "Clipboard". Después de ocho horas de inactividad, el clipboard se borra. También es posible acceder a un almacenamiento permanente en el NCBI. El primer paso es obtener una cuenta en "My NCBI" (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/myncbi/searches/?), es gratis y abierto a cualquiera.
Una vez que se completa el proceso de registro y se contesta el e-mail de verificación se puede acceder a la cuenta en My NCBI, donde se pueden organizar las secuencias seleccionadas por carpetas, borrarlas, agregar nuevas, etc. El almacenamiento es permanente y se mantienen los enlaces a la información extra, que de otro modo es difícil conservar. Es posible también guardar búsquedas completas. Para utilizar el servicio, después de completar el login, la caja de My NCBI muestra un mensaje de bienvenida, para entrar hay que clickear sobre el link "My NCBI".
Se pueden crear colecciones de secuencias y mantenerlas públicas o privadas. Por ejemplo, el link siguiente es una colección de secuencias de proteínas de trigo que preparé y configuré para que esté abierta a todos:
Secuencias seleccionadas de proteínas de T. aestivum
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