Curso Introducción a la Bioinformática. Aplicaciones en Agricultura.

Aviso: este curso no se dicta desde 2017, y los materiales de esta página no se han actualizado desde entonces.

Acerca del curso

Curso del ciclo de intensificación de la FAUBA y de actualización profesional dirigido a agrónomos, biólogos, veterinarios sin conocimientos previos de bioinformática. El curso se dicta usualmente en mayo-junio a lo largo de cinco semanas. Las clases son teórico - prácticas, de tres horas y media de duración.

• • Director del curso: Dr. Marcelo A. Soria (soria@agro.uba.ar), Cátedra de Microbiología Agrícola.

  • Docente participante: Juan Orlowski. Docente invitado: Facundo Tabbita.

Temas

• 1. Repaso de algunos conceptos de biología y genética molecular.

• 2. Busqueda de secuencias en el NCBI.

  • Análisis de una secuencia en formato Genbank. Otros formatos de secuencias

  • Descargar los resultados o guardarlos en una cuenta en el NCBI

  • Refinar una búsqueda para obtener resultados más específicos

• 3. Algoritmos para comparación de secuencias. Búsqueda de secuencias con Blast

• 4. Alineamientos múltiples de secuencias (Clustal, T-Coffee, Mucle). Búsqueda de patrones en secuencias.

• 5. Análisis filogenético

  • 6. Proyectos genómicos: el secuenciado de genomas completos. Anotaciones. Visualización de mapas físicos y genéticos

• 7. Análisis de cromatogramas de secuenciación. Programas para diseño de primers para PCR

• 8. Análisis de datos de PCR en tiempo real

  • 9. Técnicas de secuenciación de próxima generación. RNAseq: estudios de expresión génica con secuenciación de próxima generación.