El nombre de Amealco proviene del náhuatl ‘ameyalco’ o ‘ameyalli’ que significa “lugar de manantiales”. fue nombrado recientemente como Pueblo Mágico en el año 2018 por tratarse de un lugar artesanal que conserva sus tradiciones y una vasta naturaleza. El nombre de Amealco proviene del náhuatl ‘ameyalco’ o ‘ameyalli’ que significa “lugar de manantiales”.
Fue fundado en 1538 por Fernando de Tapia (Conín) y Nicolás de San Luis Montañez. Durante la época colonial. Cuenta con 72 comunidades, de las cuales, aproximadamente un tercio se reconocen de origen otomí como las Delegaciones de: Santiago Mexquititlán, San Ildefonso Tultepec y San Miguel Tlaxcaltepec, entre muchas otras, donde las raíces de estos pueblos originarios permanecen vivas exaltando su historia, cultura y tradición. El municipio es cuna y casa de las muñecas artesanales otomíes Donxu y Lele, confeccionadas por manos indígenas.
En 1985 por acuerdo de la Legislatura del Estado que el municipio lleva el agregado "de Bonfil" como homenaje a Alfredo Vladimir Bonfil, líder campesino a nivel nacional y ministro de la Secretaría de Agricultura y Ganadería.