En Amealco de Bonfil, se encuentra una variedad de especies de flora y fauna:
La vegetación incluye encinos, madroños, eucaliptos, sabinos, sauces, capulines y tejocotes. La fauna local incluye coyotes, zorras, zorrillos, tlacuaches, ardillas, conejos, liebres, gorriones amarillos y rojos, cenzontles, huitlacoches, calandrias, golondrinas, patos silvestres, gallaretas, grullas, garzas, patos de castilla y urracas.