Laboratorio biologia molecolare 2: procedura alternativa UCSC

La verifica del risultato migliore tra quelli identificati prevede una verifica nel database UCSC.

Selezionare Yeast; Oct 2003

Inserire ad uno ad uno il nome dei geni da analizzare e cliccare "go".

Viene visualizzata la regione del genoma in cui si trova il gene, spostarsi con le frecce, ingrandire o ridurre con "zoom out" e "zoom in" in modo da inquadrare la regione promotoriale.

Cercate di individuare la stessa regione che avete indagato precedentemente con Artemis. Si sconsiglia di utilizzare la posizione del cromosoma perchè a volte discrepanze nella versione del genoma possono causare degli shift nella posizione dei geni.

Nella parte inferiore della pagina su "expression and regulation", "Reg. ChIP-chip" selezionare "dense" e quindi cliccare "refresh".

Ora nella schermata dovrebbero essere apparsi i siti di binding dei fattori di trascrizione.

Ripetere la ricerca per tutti i geni in esame.

Ripetere la stessa procedura su tutti i geni e confrontarli coi propri risultati. Ci si aspetta che almeno uno dei risultati individuati dovrebbe coincidere, alternativamente fare un confronto "critico" dei risultati ottenuti con quelli riportati nel database UCSC. A volte la presenza di siti multipli per fattori di trascrizione diversi complica notevlmente l'analisi, altre volte la regione conservata del sito di binding è ristretta ad un numero di basi molto piccolo e ciò rende difficoltosa l'individuazione.