comandi linux
Alcuni comandi linux molto utili http://www.mimante.net/doc/comandi.txt
Ricordate che nella shell di linux esiste la funzione completamento automatico che viene attivata tramite il "tab".
Se per esempio state digitando un percorso ad un file una volta che avete scritto parte del nome di una cartella o di un file, potete completare il nome "tabbando" se non esistono altri files che iniziano con lo stesso nome che avete fino a quel momento digitato.
Ricordate che linux è "case sensitive" quindi i files "prova.txt" e "Prova.txt" sono due files diversi.
cd
change directory, consente di spostarsi da una directory all'altra digitando il percorso che si desidera.
per esempio se mi voglio spostare sulla directory "yeast_project" e poi sulla sottodirectory "papers"
cd yeast_project/papers/
e poi si preme invio...
ls
list; mostra il contenuto della directory corrente
se ad esempio vi trovate nella directory "/metavelvet" e nella riga di comando scrivete
stefano@kratos:~/metavelvet$ ls
e poi date invio, viene visualizzato il contenuto della cartella "metavelvet"
...
ERX294212_file_prova_MetagenIntsra_data.fastq
files_small
logfile
PROCEDURA
prova_abyss_12Mreads
...
ls -l
mostra anche i permessi dei files contenuti nella cartella, permessi che poi possono essere modificati con chmod
mkdir
make directory; crea una directory con il nome indicato,
per esempio "mkdir prova" crea una directory di nome "prova" nella directory in cui siete attualmente
chmod
change mode
http://it.wikipedia.org/wiki/Chmod
modifica i permessi di un file o di una directory, ad esempio se si vuole assegnare ad un file la possibilità di essere letto, scritto ed eseguito dall'utente corrente, dal suo gruppo ed anche da tutti gli altri
chmod 777 nome_file
se si vuole che sia solo leggibile e scrivibile
chmod 666 nome_file
mv
comando "move", muove i files da una directory ad un'altra;
mv file1 directory
muove il "file1" nella directory indicata.
esempio se si vuole muovere il file si nome "file1.txt" che si trova in "/home/yeast/filesditesto/"
nella cartella "/home/cartellaprova/filesvari/"
mv /home/yeast/filesditesto/file1.txt /home/cartellaprova/filesvari/