Eines Bioinformàtiques

El programa permet veure el resultat de molts processos de genètica molecular.

Per exemple, podem buscar el gen de la subunitat beta de l'hemoglobina (HBB) humana a la web de l'NCBI.

Un cop localitzat, trobem l'entrada "GenBank"

Que ens dona molta informació sobre el gen, com ara que es troba al cromosoma 11 i que té 1608 parells de bases.

Si ens desplacem avall en la pàgina...

Arribem a la regió anomenada CDS. Això ens indica la seqüència codificadora del gen, un cop processat el transcrit primari, eliminats els introns i reconegut el codó d'inici.

A "Translation" ens indica la seqüència del polipèptid que serà fabricat en traduir l'mRNA.

Si seguim baixant per la pàgina, baix de tot trobem la seqüència de nucleòtids del gen. Podem seleccionar-la amb el ratolí i copiar-la al porta-retalls amb Ctrl-C.

Llavors obrim "Eines Bioinformàtiques" i triem "Transcriu".

Enganxem la seqüència que havíem copiat al porta-retalls. Hem de tenir en compte que la seqüència de l'NCBI és la cadena informativa (no la que es transcriu) i que ens la dona orientada de 5' a 3'.

No ens hem d'amoïnar pels nombres, els espais ni els salts de línia. El programa els eliminarà automàticament quan premem el botó "Transcriu-la".

Si hi ha alguna errada en la seqüència, com ara lletres diferents a les bases del DNA (A, G, C, T), el programa ens ho indicarà. En cas, contrari, obtindrem la seqüència de l'RNA transcrit primari.

Ara hem de processar aquest transcrit primari. Premem el botó "Processa'l".

Ara hem d'indicar la seqüència codificadora (CDS), que ens havia indicat la web de l'NCBI. La copiem de la web i l'enganxem a CDS.

Podem triar si afegim el poliA a l'extrem 3', però això no afectarà el polipèptid que formarem en la traducció.

Un cop processat, obtenim un RNA missatger madur. Premem el botó "Tradueix-lo".

Ens dona la seqüència del polipèptid produït, amb abreviatures d'una lletra. Aquesta és la subunitat beta de l'hemoglobina humana. El programa ens diu que té 148 aminoàcids (a més, hi ha el codó d'aturada). Podem comprovar que coincideix amb la seqüència "Translation", que havíem vist a la web de l'NCBI.

Una altra finestra del programa ens permet convertir aquesta seqüència d'abreviatures d'una lletra al seu equivalent amb abreviatures de tres lletres.

També hi ha un botó que permet accedir a un informe més detallat del polipèptid.

A més del nombre d'aminoàcids, podem veure la massa molecular del polipèptid, així com el nombre absolut i el percentatge de cada aminoàcid, i de cadascun dels grups d'aminoàcids.

La traducció s'ha realitzat seguint el codi genètic estàndard.

Tornant a la finestra de Traducció, podem canviar el codi genètic i triar-ne un altre, com ara el de mitocondris de vertebrat. Veurem les petites diferències amb el codi genètic estàndard. Si cliquem el botó "D'acord", tornarem a la finestra de traducció i podrem veure quin polipèptid obtindríem amb aquest codi genètic. O sigui, quin polipèptid produirien els mitocondris de vertebrat en traduir el nostre RNA missatger.