L’Aula de ciències és un proposta oberta que pot i ha d’ adaptar-se a diverses organitzacions escolars. Aquestes propostes poden concretar-se des de la simple decisió de la distribució horària - que permeti una utilització eficaç de l’aula - fins una decisió més profunda de reestructuració i organització escolar: grups de treball, tallers, o noves concepcions sobre l’ús dels espais i les agrupacions de l’alumnat.