Esta ciudad portuaria maya del periodo Clásico tuvo una larga ocupación (200 a.C.-900). Los comerciantes nahuas que la conocieron cuando ya estaba abandonada la llamaron Comalcalco, que significa “en la casa de los comales”. La única inscripción encontrada hasta ahora en el sitio está escrita sobre un ladrillo en idioma maya ch’olano y dice Joy’ Chan, voz que se traduce como “cielo enrollado”. El registro histórico más temprano del lugar corresponde al 10 de agosto del año 561, mientras que la fecha más tardía encontrada es de 7 de marzo del 814, cuando inició su declive y desaparición entre la selva, que lo ocultaría por más de mil años.

La ciudad se fundó en la ribera del río Mezcalapa en la meseta aluvial tabasqueña, al interior de un amplio sistema lagunar y a poca distancia del mar. Esto les permitió a los mayas de Joy’ Chan mantener el control de los yacimientos de arcillas con los que elaboraron múltiples objetos de barro, como ladrillos, drenajes, vajillas, urnas y figurillas, entre otros. Gracias a la pesca y la recolección de especies de la selva baja inundable (los manglares), y de una agricultura intensiva basada en los cultivos de maíz, frijol y cacao, se convirtió en la sede portuaria más importante para el intercambio no sólo de la región, sino de zonas lejanas. Los mercaderes que recorrían esta valiosa ruta fluvial transitaban entre la sierra de los Cuchumatanes en Guatemala y los actuales estados de Chiapas y Tabasco, hasta su desembocadura en el Golfo de México.

La producción artesanal de Comalcalco permitió a sus habitantes y mercaderes locales obtener obsidiana, pedernal, jade y basalto, entre muchas otras materias primas, para la elaboración de herramientas, cuchillos, hachas, metates y morteros, por mencionar algunos. Una producción local importante fueron las figurillas de animales e individuos moldeados en barro. Entre éstas se distingue una representación femenina que porta en la mano derecha un abanico y usa un huipil decorado. Se le ha llamado la Señora de Comalcalco y se considera el modelo ideal de la mujer de la región.

La producción agrícola de cacao detonó positivamente la economía para su desarrollo. Durante su prosperidad estableció lazos con importantes puertos de intercambio en la franja costera del Golfo de México y sitios establecidos en las márgenes del río Mezcalapa, con quienes canjeaba vajillas y figurillas de gran calidad, que se han encontrado ahora en sitios como Jaina, Campeche y Xcambó en Yucatán. También mantuvo relaciones comerciales y políticas con ciudades como Jonuta, Palenque y Tortuguero.

Su monumental arquitectura está conformada por basamentos de tierra revestidos con estuco que tenían en la cima templos con techos abovedados, erigidos con miles de ladrillos. Fueron adornados con vistosas cresterías y, adosadas, había esculturas modeladas en estuco con personajes de la familia real, en escenas que combinaban dioses, animales y plantas acuáticas relacionados con su cosmovisión, las cuales fueron pintadas con una profusa policromía, dotándolas de una gran vitalidad y realismo.

En Comalcalco, los principales conjuntos arquitectónicos son la Plaza Norte, la Gran Acrópolis, la Acrópolis Este y el Grupo Oeste, que fueron levantados sobre un domo de tierra que facilitó orientarlos hacia los puntos cardinales sobre un eje que va ordenadamente de este a oeste. La extensión de la Plaza Norte sugiere que sirvió para realizar el tianquiztli (mercado), se encuentra cerca de los embarcaderos y el cauce por donde se trasladaban personas y bienes, pero a la vez distante para evitar la creciente en época de lluvias. Por su parte, la Gran Acrópolis es el grupo arquitectónico más sobresaliente; tiene forma de herradura, una altura de 38 m y una superficie de 48,000 m2.

Comalcalco fue descubierto en 1880 por Désiré Charnay; en 1925 lo describieron y fotografiaron Frans Blom y Oliver La Farge, y Gordon Eckohlm lo estudió en 1956-1957. En 1960 Román Piña Chan inició la excavación de seis edificios en la Gran Acrópolis, y en 1966 George F. Andrews elaboró un levantamiento topográfico y arquitectónico del área nuclear del sitio. Entre 1972 y 1981 Ponciano Salazar integró siete edificios a la visita pública, y de 1993 a 2016 Ricardo Armijo excavó, restauró e investigó 13 edificios más en la Gran Acrópolis y la Plaza Norte.

El registro histórico del sitio cubre 300 años, y se confirma la existencia de un glifo emblema propio que indica la importancia del asentamiento. También menciona una gran guerra que resulta en la captura y decapitación del Kuhul Ajau Ox Balam el día 23 de diciembre del año 649, momento a partir del cual la ciudad quedó sometida al reino de B'aakal —Palenque—, adoptando desde entonces su glifo emblema.