臺南府城竹溪禪寺,創建於明朝永曆十八年(西元1664年)改制後之鄭經主臺初期,係由當時的州守所建。當時,因其「寺傍山崖,清溪秀谷,茂林修竹,而有『竹溪寺』之名。又因景色絕美,令人恍如置身西天,所以又名『小西天寺』」。
康熙三十二年(西元1693年),臺灣知府吳國柱曾附建「竹溪書院」於這個寺院,因竹林蒼鬱,溪徑紆迴,景勝幽雅,所以良辰佳節,騷客遊人,多會於這所寺院。由第二任臺灣府同知齊體物(正黃旗人,丙辰進士,康熙三十年任)所咏的「竹溪寺」,詩云:「梵宮偏得占名山,屼作蠻州第一觀。澗引遠泉穿竹響,鶴期朝磬候僧餐。夜深佛火搖鮫室,雨裡檳榔綴法壇。不是許珣多愛寺,須知司馬是閒官。」依照這首詩前二句的含義,為這所寺院占得明山,是新開地方的第一所寺院。
後來因歷年既久,遭風雨剝蝕,乾隆五十四年(西元1789年)里人蔡和生倡修,煥然一新,至嘉慶元年(西元1796年)總理監生黃鐘岳、鄉紳吳邦傑等再募捐重修,嘉慶二十四年(西元1819年)董事劉廷貴復修。光緒二年(西元1876年)與十二年(西元1886年),又分別有「後補通判鮑復康重修」及「誅善信重修」等。此外,竹溪寺在乾隆四十八年(西元1783年)時,曾建有一座橋,就名為竹溪寺橋,興建者為慧珍和尚。這座橋建後,分別於乾隆五十七年(西元1792年)與嘉慶三年(西元1798年),得到鄉紳吳邦傑和黃鐘岳的修護,顯示竹溪禪寺在乾隆、嘉慶及光緒年間都曾修建過,從修建的次數與發起人來看,可以推知歷史中的竹溪禪寺頗受官民的重視。
依古物刻文的記載,在同治末年至光緒初年間,竹溪寺的住持為欲琴和尚。到了日據大正四年(西元一九一五年),竹溪寺的管理人上官玄、林神等,以寺內沒有僧人住持,適遇捷圓和尚由中國的湧泉寺受戒歸臺,見其立志堅定,勤苦精修,弘揚佛法,不遺餘力,便決議聘為竹溪寺住持。捷圓和尚自陞座任職以後,即發「不作即不食」之宏願,兢兢業業,時時刻刻,以整頓寺內及推行佛法、化導人心為己任。經其銳意整修,並建蓮花寶塔於寺旁,始令古寺漸有生氣,亦引起南部信佛人士之重視。至昭和二年(西元1927年)孟春,和尚又對竹溪寺進行第二階段的建設工程,歷經7年才全部完竣。所重新改建的三寶殿,採中西折衷建築型式,又於後殿上層增建大悲樓,內有由大悲咒逐句繪圖所成之畫像。從此寺貌莊嚴,煥然一新。
民國三十七年農曆三月四日,捷圓和尚安詳示寂。竹溪禪寺的寺務與法務由其弟子眼淨和尚接續經營,為重興第二代祖師。眼淨和尚任職期間,曾開辦佛學講習會,並設立竹溪佛學書院,培育僧才;更將右廂改建新式樓房為藏經閣。另增建蓮池寶塔與功德堂於舊塔之旁。氣象日益發達,住持僧尼達百餘人。民國五十九年,和尚透過僧伽會議的方式改選新住持,先行卸下竹溪禪寺寺務,由其弟子然妙法師繼承。後於民國六十年農曆二月三日凌晨,緣盡示寂。
然妙法師接任住持後,因大殿歲時浸久,棟桷朽壞,雨漏壁淋,屢修罔效。故於民國六十三年倡議重建並擴增建設,採宮殿式,獲得十方信重踴躍捐貲。鳩工多年,至七十二年底全部重建完峻。棟宇巍峨,煥然一新,成為現代化宮式寺院。當硬體建設大致完成後,鑑於培育僧才、弘揚佛法之重要,特重行開辦竹溪佛學書院,長達6年,學僧過內外都有,一時頗見盛況。民國七十六年農曆十二月二十七日,法師緣盡示寂。
然後法師圓寂後,竹溪禪寺的僧眾於會議中推選常定法師為繼任住持。法師對佛教教育本具好樂之心,在未任住持前,便能於佛教界或社會上從事各項佛教教育、文化、慈善事業,而於會議中提議將原來的佛學院改為女子佛學院,但因現實條件不具足而未能如願。民國八十三年,法師因身體違和而請辭所有世俗職務,上山養病。後於民國九十二年農曆二月十六日捨報。
常定法師請辭寺務後,民國八十四年農曆二月九日,由正定法師接任竹溪禪寺住持。法師期許自己真能做到名符其實的「住持」,能令如來正法久住、慧命長存。擔任住持期間,曾為寺方訂定了組織章程,此章程的設立對竹溪禪寺日後的影響至深且鉅。民國八十八年九月,臺灣發生了重大的地震災害,法師即刻動員信眾投入賑災,並於十月中旬在寺內為罹難者及其眷屬舉辦祈安法會。可能因此過於勞累而導致舊疾復發,於農曆十月十八日辭世。
正定法師過世後,竹溪禪寺僧眾在幾經波折之後,終於在佛教會的輔導下,依組織章程之規定而如法選出新住持,由聰妙法師膺任。聰妙法師繼任住持後,所有的寺院都授權當家資定法師全權處理。資定法師幾乎承擔了該寺內、外所有法務的推動工作,一心一意只想「把竹溪寺弄好」。由於她對寺務的投入與付出,使得竹溪禪寺從此漸漸改觀。因此,在民國九十二年九月二十四日的執事會議中,獲得諸多執事成員的肯定與支持,被推選為住持,成為竹溪禪寺史上第一位女性負責人。其後更分別於九十四年與九十九年,連選連任至今。
這所三百餘年前創建的寺院,現在住持得人,法務蒸蒸向榮。資定法師始終抱持著「把竹溪寺弄好」的心願,兢兢業業,以整頓寺風及落實佛法為己任。民國九十四年起,即積極禮請師資來寺,定期為寺僧與信眾演說佛法,持續至今。另外,亦提出寺院整體重建的理想,委託國立成功大學建築系傅朝卿教授,協助進行寺院重建的規劃工作。九十九年十月,竹溪禪寺會館正式啟用,不僅安頓寺眾以利重建,也為社區環境的綠化、民眾精神信仰以及教育休閒活動空間等提供了相關設施。一O六年竹溪書院落成,成為推廣教育與文化事業的根據地。一一三年十月大殿重建落成,其精神在於「承續而非取代」,重建不離傳承,於新建築中延續歷代祖師之法脈與道風,使古剎重光而法燈常明。
竹溪禪寺創建於明鄭東寧時期(西元1667年至1672年間),為天興州守臺灣時首建,建築採傳統閩南格局。入清後,山門匾額題為「小西天」。
清康熙三十二年(西元1693年),臺灣知府吳國柱建「竹溪書院」。
清康熙三十五年(西元1696年),高拱乾《臺灣府志》載:「竹溪寺,在府治東南數里許。」
清康熙三十年(西元1691年)至清康熙三十五年(西元1696年)間,臺灣海防同知齊體物遍訪府治新構寺院,並賦〈竹溪寺〉詩一首:「梵宮偏得占名山,屼作蠻州第一觀。」詩中「名山」即指五龍山。
清康熙五十九年(西元1720年),陳文達《臺灣縣志》載:「竹溪寺在永康里,距邑治二里許。」此後府志、縣志之記載,多承前志所述。
清嘉慶十二年(西元1807年),謝金鑾《續修臺灣縣志》記載:「竹溪寺在永康里。乾隆五十四年(西元1789年),里人蔡和生倡修;嘉慶元年(西元1796年),黃鍾岳、吳邦傑等復鳩眾修。」
清嘉慶二十三年(西元1818年),董事劉延貴再行修葺。
清光緒十二年(西元1886年),候補通判鮑復康重修。
清乾隆四十八年(西元1783年)釋慧珍於臺灣縣永康里建「竹溪橋」。
清乾隆五十七年(西元1792年)釋智得重建竹溪寺橋,寺中仍存〈重修竹溪寺橋碑記〉。
清光緒元年(西元1875年)釋欲琴募造竹溪寺銅鐘。
日明治四十四年(西元1911年),前殿及右廊修繕,經費千四百圓,三郊組合支付六百圓,其餘由石謨記、黃澄淵、上官薇、林神四人分擔。
日治時期,住持捷圓法師於昭和二年至昭和十年(西元1927年至1935年)間全面改建竹溪禪寺,形成閩洋折衷之建築格局,建立「伽藍七堂」制度,包括:山門、佛殿(三寶殿)、僧堂、法堂、東西司、庫房、浴室,並興建天王殿、大悲樓、左廊及附屬建築等。
昭和二年興建三寶殿、法堂。
昭和四年建哼哈二將。
昭和八年建碧蓮橋。
昭和十年再建左廊及寺院附屬建築。
大正六年(西元1917年)捷圓和尚建「蓮花寶塔」。
大正八年(西元1919年)竹溪禪寺落成。
民國三十七年(西元1948年)眼淨和尚接任住持,民國四十二年(西元1953年)十二月十九日,「蓮池寶塔」落成。
民國四十三年(西元1954年)新建閩南寺院風格山門及竹溪精舍。
民國四十七年(西元1958年)右廂房改建為二層樓,作為藏經閣。
民國五十一年(西元1962年)開辦竹溪禪寺佛學書院(竹溪佛學院)。
民國五十三年(西元1964年)於寺側興建功德堂。
民國六十年然妙和尚接任竹溪禪寺住持後,承續重建理念,展開第二次大規模改建。
民國六十二年(西元1973年)增建「淨土堂」及「蓮花池」。
民國六十三年(西元1974年),住持然妙法師與全妙法師規劃重建工程。
民國六十四年(西元1975年)將舊禪寺部分拆除,改建為北式宮殿建築格局,興建三川殿、三寶殿、地藏王殿、大士殿等建築。
民國七十年(西元1981年)九月一日,向安平葉進祿師訂製八十八幅「大悲出相」,並於民國七十一年(西元1982年)底竣工。
民國九十四年(西元2005年),經住眾會議、執事會議及信徒大會決議,正式啟動籌劃十餘年之重建任務。
民國九十九年(西元2010年),竹溪禪寺會館(原日治時期「臺南市國民道場」舊址)落成,寺眾暫移會館,展開重建工程。
民國一〇五年(西元2016年)五月,「臺南市竹溪護法協會」正式向臺南市政府社會局立案。
民國一〇六年(西元2017年)十二月三日,竹溪書院、山門、涼亭落成啟用,並舉行大殿動土典禮。
民國一〇九年(西元2020年)十月十二日,竹溪禪寺主體建築正式開工,新建內容包括:大殿、文物館、寺務所、辦公室、禪堂、齋堂、客堂、僧眾寮房、居士寮房、庫房、大寮、停車場及庭院等。
民國 一一三 (西元2024年)年天王殿、文物館及大殿落成。