广州市科技计划项目、基于高通量测序数据研究寄生虫非编码基因的种类、特征及功能、201806010151、郑凌伶（主持人）、高江梅、刘顺、孙文举、喻鹏、林鹏辉、2018-04-01，2021-03-31（30万）
国家自然科学基金委员会、原生生物miRNA的系统鉴定与起源分析、31401975、郑凌伶（主持人），温砚子，高江梅，李俊豪，吴捷，陈晓红、2015-01-01，2017-12-31、本人承担课题设计及主要实施内容部分（25万）
国家自然科学基金委员会、tRNA衍生的小RNA在癌症中的表达及其介导的调控网络研究、31771459、郑凌伶（主持人），谢淑娟、黄燕、黄巧娟、孙文举、王泽林、喻鹏、周克任、林鹏辉、2018-01-01，2021-12-31、本人承担课题设计及主要实施内容部分（56万）
国家自然科学基金、Wnt/β-catenin信号通路中microRNA的表达调控及功能研究、31230042、屈良鹄（主持人），徐辉，邵鹏，郑凌伶，马丽明，温俊志，谢淑娟，李俊豪，陈一龄，陈晓红、2013-01-01，2017-12-31，本人承担数据处理部分（299万）
国家科技部、新型长链非编码RNA(lncRNA)-蛋白质机器介导的表观、2017YFA0504402、陈月琴、庄诗美、杨建华、周惠、杨金娥、张玉婵、方坚鸿、郑凌伶、于洋、王文涛、2017-07-01，2022-06-30本人承担数据处理部分（934万）
国家自然科学基金委员会、基于机器学习的生物医学大数据挖掘理论与方法研究、U1611265、戴道清、王玉平、熊远妍、戴智明、朱麟、李晶晶、刘峰、郑凌伶、杨世高、王钢2017-01-01，2020-12-31、本人承担数据处理部分（450万）