安裝

目標

使用預設的編譯器(gcc/g++/gfortran)完成，任意軟體(範例：hdf5-v1.10.11)的tarball安裝。若不用gcc 編譯請 module load 其他編譯器並設置好環境。

步驟一

載入原始碼

方法一、使用 wget/wget2 指令下載原始碼的打包壓縮檔(也可以到[vapor]:/data/researchGeneral/srcApps)

1-1-1 自行找到下載點

1-1-2 (指令) wget -c ${PASTE_THE_URLS}

1-1-3 (指令) tar -xf ${PATH_TO_THE_TARRED_FILE}

會發現有多出來的目錄

1-1-4 (指令) cd ${PATH_TO_THE_DIR}

這樣就抵達所謂的"source top root"

在"BUILD"一個軟體的時候，我們可以把軟體在編譯的過程中大略分成三個狀態，"SOURCE"也就是原始檔的頭。"BUILD"就是以"SOURCE"為基礎編譯出來的一個版本，蠻常時候大家會習慣直接在這一層開始做編譯，這種做法是會讓"BUILD"和"SOURCE"重合的意思。使用CMake/autoconf工具的話，習慣會在進入到"SOURCE"的top root時在建立一個BUILD目錄，有些手冊或說明書的英文用字會是以進入到HOST/SOURCE的陰影中來形容，所以看到README需要你在陰影處建立資料夾，就是立刻mkdir一次。

方法二、使用 git 版本控制軟體(more modern)

1-2-1 自行找到 Github/GitLab 的原始碼/專案 repositories。找到URL

1-2-2 (指令) git clone ${PASTE_THE_URLS}

1-2-3 (指令) cd ${PROJECTNAME}

這樣就抵達所謂的"source top root"，但此時的你還不知道你載入的版本(通常是當下的最新開發版本)

1-2-4 (指令) git checkout '______' #(單引號內請填入branch/tags值，內容物就會變成你想看到的那個版本)

步驟二

閱讀/尋找文件

接著如果是要裝很陌生、以前還沒有裝過的軟體，請不要直接立刻就這三行指令：

./configure --prefix=...???...

make

make install

雖然這三條是必經之路，請先將這個tarball中的 README 、 INSTALL 、 RELEASE 相關的文件先讀過一遍。尤其是要安裝 HDF5 之前，你會先發現你要給的選項似乎很多。如果找玩都沒有特別說明，那就是請走最無腦的上面三行指令，即可。

步驟三

執行 configure

首先要先檢查top root 有沒有 configure 檔案，而且還要是可執行檔。如果只有 configure.ac 但沒有單純的configure 執行檔。那這時候需要先執行一次指令

(指令) autoreconf -if

如有順利執行完成，應該就要能找到剛剛生成的configure執行檔。執行失敗就看一下原因，失敗原因通常是需要使用到2.7X版本以上的 autoconf 來執行 autoreconf -if。注意不要漏打了指令中間的"re"。若要查看 configure 的選項有哪些，因為每個版本或多或少會有微調，請使用 -h 選項。公用主機上一般使用者要安裝軟體，記得務必要加上 --prefix 選項。configure執行完，會有 Makefiles 生成或被修改。不然沒有Makefiles是做不起來make的。此時重頭戲編譯還沒開場。

步驟四

執行make編譯

先清除再編譯，編完若沒特別說不需要檢查，最好要檢查 (使用check或test的方式)，最後才能夠安裝。

make clean #清除已經被編譯好的物件，回到 SOURCE 狀態

make #make all 的縮寫

make check #check通常比編譯執行的還久，太早結束也是不太好

make install #其實他就是複製貼上的概念了。

其實還有一招可以一次執行完

make clean all check install

步驟五

設置環境

請設置正確的環境。

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