原著論文（Original papers)

• Shelton, B. R., Larrere, J., Yusta Belsham, D., Omacini, M., Argüelles-Moyao, A., Buscardo, E., Alves da Silva, D. K., Zhao, X., ○Nakamura, N., Ángeles-Argáiz, R., Paz, C., Matías-Ferrer, N., & Hart, M. M. (2026). Fungal ecology in the age of ’omics. The New Phytologist, nph.70900. https://doi.org/10.1111/nph.70900

• Nakamura, N., Toju, H., Flory, S. L., & Kitajima, K. (2025). High density invasion by the shrub Ardisia crenata in Florida, USA is associated with altered soil chemical properties and microbial communities. In bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2025.09.18.676188

• Nakamura, N., & Sugiyama, A. (2025). Developmental stage-specific triterpenoid saponin accumulations in Ardisia crenata rhizosphere and its influence on rhizosphere microbial communities. Plant Biotechnology (Tokyo, Japan), 25.0504a. https://doi.org/10.5511/plantbiotechnology.25.0504a

• Noyori, W., Isagi, Y., Nakamura, N., Tagane, S., Celis, G., & Kitajima, K. (2024). Phylogeography of apomictic and outcrossing individuals in invasive and native populations of Ardisia crenata (Primulaceae). Plant Species Biology, 39(6), 326–335.

• Kadowaki, K., Honjo, M. N., Nakamura, N., Kitagawa, Y., Ishihara, M. I., Matsuoka, S., Tachiki, Y., Fukushima, K., Sakaguchi, S., Mizuki, I., Fujiki, D., Sakai, M., Takayanagi, A., Yamasaki, M., Tokuchi, N., Takahashi, D., Nagasawa, K., & Masuda, K. (2023). eDNA metabarcoding analysis reveals the consequence of creating ecosystem‐scale refugia from deer grazing for the soil microbial communities. Environmental DNA (Hoboken, N.J.), 5(6), 1732–1742.

• Nakamura, N., Toju, H., & Kitajima, K. (2023). Leaf, root, and soil microbiomes of an invasive plant, Ardisia crenata, differ between its native and exotic ranges. Frontiers in Microbiology, 14. https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1302167

総説論文（Rreview papers)

• 中村 直人. (2025). 侵略的外来植物由来の二次代謝産物が駆動する植物-根圏微生物間相互作用. 生存圏研究-Sustainable Humanosphere, 21, 40–44.

• 中村直人. (2024). 植物-微生物間相互作用からみる侵略生態学. 生存圏研究-Sustainable Humanosphere, 20, 25–29.
  

招待講演 （Invited talk）

• 中村 直人「根圏ケミカルコミュニケーションから迫る植物-微生物間相互作用」
  2025年度種生物学シンポジウム　東京　2025.12.19-12.21　和文誌シンポジウム：『生態系の土台：植物と微生物が織りなす世界』

• 中村 直人「植物‐微生物間相互作用からみる侵略生態学」
  第318回 京都大学生存圏研究所 定例オープンセミナー　2024年11月13日

• Nakamura, N “Factors contributing to the invasion success of invasive shrub, Ardisia crenata, explored by comparing phyllosphere and rhizosphere microbiomes between its native and exotic ranges” KUSP International Symposium 2022, February 21, 2023

国際学会口頭発表 - Oral presentation

• Naoto Nakamura, Hirokazu Toju, S Luke Flory, Kaoru Kitajima “Microbial communities in the leaf, roots and rhizosphere of an invasive shrub, Ardisia crenata, differ between its native and invaded range” The 2022 Annual Meeting of the Ecological Society of America. Montréal, Canada. August 19, 2022 査読有

• Nakamura, N “Cryptic interkingdom microbial relationships: from a cross-continental comparative study of invasive plant microbiome” ESJ Kantou branch symposium, July 21, 2021

国際学会ポスター発表 - Poster presentation

• Naoto. Nakamura, S. Luke Flory, Hirokazu Toju, Kohmei Kadowaki, Kaoru Kitajima, “The relationship between population density of invasive plants and soil microbial communities“ , Ecological and Evolutionary Consequences of Plant–Fungal Invasion Symposium,  Campinas, Brazil June 2024, 査読有, Poster Prize 受賞

国内口頭発表 - Oral presentation

• 中村 直人「外来植物由来の根圏二次代謝産物が駆動する植物-土壌フィードバック」第73回 日本生態学会 京都大会, 自由集会
  （集会企画：中村 直人）集会名「化学生態学から迫る生物間相互作用と環境適応」 

• 中村 直人, 杉山暁史 “外来植物由来の二次代謝産物による根圏土壌微生物群集組成の変化” The 37th Japanese Society of Microbial Ecology (JSME) Annual conference28th Oct. – 31th Oct. 2024, Hiroshima

国内ポスター発表 - Poster presentation

• 中村直人, 杉山暁史　「薬用植物の生物活性二次代謝産物が駆動する森林圏土壌圏相互作用」生存圏ミッションシンポジウム  京都   2026年2月

• 中村直人, 杉山暁史　「外来植物による二次代謝産物を介した土壌微生物群集改変機構の解明」植物微生物研究会, 第34回研究交流会, つくば, 2025年9月     

• 中村直人、杉山暁史　「外来植物が産生する二次代謝産物による土壌微生物群集組成の変化」　第72回日本生態学会大会  札幌　2025年3月

• 中村直人、杉山暁史 「薬用植物の生物活性二次代謝産物が駆動する森林圏土壌圏相互作用」生存圏ミッションシンポジウム 京都   2025年3月

• 中村直人, 杉山暁史 　「外来植物マンリョウ由来の二次代謝産物が土壌微生物群集に与える影響」 植物微生物研究会, 第33回研究交流会, 高知, 2024年7月

• 中村直人, 東樹宏和, Luke S. FLORY, 北島薫　「葉、根及び土壌中の微生物叢と外来植物の侵略性の関係」第68回日本生態学会年次大会、岡山、
  2021年3月, *学生ポスター優秀賞受賞

• 中村直人　Microbiome in leaves, roots and soil of Ardisia crenata in its native and invasive ranges” 土壌微生物×物質循環ワークショップ、北海道、2021年１月

• 中村直人, 北島薫“バラ目木本植物によるケイ素集積能力の系統を考慮した比較” 第51回種生物学会年次シンポジウム、宮崎、2019年12月

社会貢献活動

• 京都大学 学びコーディネーター事業（高大連携）出前授業 講師（兵庫県立鳴尾高等学校）
  講義名「侵略的外来種を科学する -日本から海外に渡った外来種- 」2023年11月  

その他（MISK）-- 寄稿等

• 中村 直人 「根圏ケミカルコミュニケーションから迫る外来植物 ― 微生物間相互作用」, アグリバイオ 2026年4月号,