През пролетта на 1863 година, със съгласието на сръбското правителство, Раковски предприема разговори в тази насока в Атина и Цетина с видни обществени и политически дейци. След неуспеха на мисията си в края на 1863 година Раковски се установява отново в Букурещ, където се надява да намери по-добри условия за осъществяването на своите идеи. Там от март 1864 година започва издаването на вестник „Бъдущност“. След спирането на вестника на 19 юли 1864 година Раковски издава на български и румънски език и единствения брой на вестник „Бранител“ с цел създаване на българско-румънски съюз. Същевременно успява да довърши и през 1865 година да издаде подготвеното още в Одеса списание „Българска старина“.
В края на 1866 година Раковски образува „Върховно народно българско гражданско началство“ в лицето на Тайния централен български комитет (ТЦБК). Според Христо Македонски, обаче, ТЦБК е създаден без знанието и одобрението на Раковски. Ръководството на новата организация се състои от седмина членове: председател, подпредседател и още петима членове. Неговата задача е да координира, организира и да изпраща чети в поробената България, като по такъв начин да бъде сложен край на безразборното прехвърляне на такива чети в българските земи.
На 1 януари 1867 година новата организация издава „Привременен закон за народните горски чети за 1867-о лято“, в който са записани организационният принцип на изграждането на четите и правата и задълженията на самите четници. Раковски твърдо вярва, че със създаването на добре организирани чети ще може да се вдигне народа на борба и ще се постигне освобождението му.
През пролетта на 1867 година са прехвърлени четите на Панайот Хитов и на Филип Тотю. На 9 октомври същата година Раковски умира в Букурещ от туберкулоза.