Αντικείμενο του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών "Οικολογία και Διαχείριση της Βιοποικιλότητας" είναι η προαγωγή της γνώσης και της έρευνας στους τομείς αιχμής που περιλαμβάνονται στο ευρύτερο φάσμα της Οικολογίας, με έμφαση στο χερσαίο περιβάλλον, τη Διαχείριση της Βιοποικιλότητας και των εφαρμογών της επιστήμης της Οικολογίας.

Σκοπός του Προγράμματος είναι η κατάρτιση άριστα εκπαιδευμένων επιστημόνων με γνώση της τρέχουσας επιστημονικής και τεχνολογικής προόδου, των σύγχρονων ερευνητικών τεχνικών και προσεγγίσεων και με ικανότητα υλοποίησης έρευνας σε κρίσιμα σύγχρονα θέματα που αφορούν στη βιοποικιλότητα των χερσαίων περιβαλλόντων (των εσωτερικών υδάτων συμπεριλαμβανομένων), αλλά και τη διαχείρισή της, με έμφαση στο ελληνικό περιβάλλον. Το Πρόγραμμα αποσκοπεί στην προετοιμασία ικανών και άρτια εκπαιδευμένων επιστημόνων για τη στελέχωση ακαδημαϊκών και ερευνητικών ιδρυμάτων καθώς και σχετικών μονάδων παραγωγής στη χώρα μας και διεθνώς, επενδύοντας στο ανθρώπινο δυναμικό, στην αριστεία και στην καινοτομία. Επιπλέον, το Πρόγραμμα επιδιώκει να προσφέρει την κατάλληλη εκπαίδευση, κατάρτιση και εμπειρία στους εκπαιδευόμενους, ώστε να τους καταστήσει ανταγωνίσιμους και ικανούς να καταλάβουν θέσεις στην αγορά εργασίας, σε τομείς που συνδέονται με τα γνωστικά αντικείμενα και τους στόχους του Προγράμματος.