Makmal Sains Kolej Matrikulasi Selangor terletak di bangunan Kompleks Makmal Sains. Bangunan tiga tingkat ini dilengkapi dengan prasarana untuk pelajar aliran Sains menjalankan proses amali.
Makmal Sains berperanan sebagai medium untuk melahirkan golongan lepasan Matrikulasi aliran Sains yang mahir dalam penguasaan amali. Di samping itu, kemahiran manipulatif penggunaan radas dan peralatan serta pengendalian bahan kimia dapat dikuasai oleh para pelajar aliran Sains.
Urus tadbir Makmal Sains Kolej Matrikulasi Selangor menjadi tanggungjawab Jabatan Sains, Kolej Matrikulasi Selangor. Setiap unit Makmal Sains dikawal selia oleh Ketua Pembantu Makmal (Kimia, Biologi dan Fizik). Terdapat 19 buah Makmal Sains yang dibahagikan kepada 3 unit utama iaitu:
Menyediakan fasiliti pembelajaran yang kondusif, lengkap dan selamat dalam usaha untuk melahirkan bakal graduan Matrikulasi yang berpengetahuan luas, berdaya saing dan berkemahiran tinggi dalam bidang Sains.
Mengurus dan menyedia keperluan amali, menyelia peralatan dan prasarana, keselamatan dan keceriaan Makmal Sains supaya proses pengajaran dan pembelajaran (PdP) dapat berjalan berjalan lancar.