Kawasan Konservasi Kepulauan Anambas memiliki sebaran tutupan karang tentatif dengan estimasi 6.740,66 Ha. Rata-Rata kondisi kesehatan terumbu karang di Kawasan Konservasi Kepulauan Anambas dalam kondisi cukup baik. Meskipun demikian, persentase dari dead coral with algae yang juga tinggi dan masih ditemukannya lokasi dengan kondisi rubble/pecahan karang yang tinggi. Persentase tutupan karang mengalami peningkatan dari tahun ke tahun. Penempelan larva karang (coral recruitment) ditemukan pada lokasi monitoring. Hal ini menunjukkan bahwa kondisi perairan di Kawasan Konservasi Kepulauan Anambas cukup mendukung untuk keberlangsungan hidup terumbu karang.

Penyu termasuk biota laut yang dilindungi secara nasional maupun internasional. Beberapa regulasi dan kebijakan perlindungan penyu antara lain tercantum pada UU No. 45 Tahun 2009 tentang Perubahan Atas Undang-Undang No. 31 Tahun 2004 tentang Perikanan, Peraturan Pemerintah No. 60 Tahun 2007 tentang Konservasi Sumberdaya Ikan, dan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan No.2 Tahun 2009 tentang Tata Cara Penetapan Kawasan Konservasi.

Pulau mangkai merupakan site konservasi penyu yang dikelola oleh LKKPN Pekanbaru di Kawasan Konservasi Kepulauan Anambas, dan tercatat merupakan lokasi pendaratan dan peneluran jenis penyu hijau (Chelonia mydas) dan penyu sisik (Eretmochelys imbricata). Konservasi penyu yang dilakukan di Pulau Mangkai merupakan komitmen LKKPN Pekanbaru sebagai pengelola kawasan konservasi untuk menjaga kelestarian biota penting, dan kegiatan pelestarian penyu ini dapat menjadi contoh bagi masyarakat di Kepulauan Anambas untuk ikut serta menjaga keberadaannya sebagai biota dilindungi 

Ikan napoleon adalah biota ikonik dari Anambas yang juga merupakan komoditas ekspor utama di kepulauan Anambas. Ikan ini banyak dibesarkan di keramba dan jika beruntung, penyelam dapat menemukannya berenang bebas di laut

Ekosistem padang lamun merupakan salah satu penyusun ekologi laut tropis yang memiliki peran yang cukup penting. Peran dari ekosistem padang lamun diantaranya sebagai sumber produktivitas dengan produktivitas untuk menyerap karbon dari atmosfer dengan efektifitas 10 kali lebih besar dibandingkan dengan hutan. Sebagai sumber produktivitas ekosistem padang lamun juga berperan sebagai tempat bagi organisme lain untuk mencari makan dan berlindung. Lamun merupakan tempat tinggal biota laut, termasuk biota bernilai ekonomis diantaranya ikan baronang, kerang, rajungan, dan kepiting. Keberadaan biota-biota tersebut bermanfaat bagi manusia sebagai sumber makanan.