供奉神明

正殿

媽祖、千里眼、順風耳

正殿供奉大媽、二媽、三媽分祀於兩側。千里眼、順風耳供奉於神龕之中。澎湖媽祖像具有身穿蟒袍，採坐像，雙目下視、神形和藹等特徵，不過不同於台灣媽祖像多是黑面，澎湖媽祖像為金面身。

虎爺

正殿神桌西側擺放一尊虎爺的身影，為木雕擬人手法而成。

民間傳說，虎爺是土地公的屬下，因此宮廟裡有供奉土地公的，便有神桌下的虎爺，隨時供土地公騎用。另一種說法為，一般宮廟裡供著並不叫虎爺，而是叫黑虎將軍，祂們的職守並非供土地公騎用，而是鎮守宮廟，驅逐瘟疫、鎮護廟堂才是祂們被引為地神奉祀的原因。

左殿育麟宮

註生娘娘

本地人多稱「註生媽」，位於正殿左側育麟宮中。在民間信仰中，除了管理生兒育女，也辦理安胎、生產和保護幼兒的職責。另外殿中也供奉「十二婆姐」，又稱「十二延女」，祂們姿態各異、各有其名，據聞是按十二生肖所搭配的褓母，也有人認為祂們又主管「六好六壞」，即子孫賢肖與否，悉由陰德厚薄而定。

送子觀音

觀世音菩薩雖是佛教神祇，但民間信仰佛道混雜的情況由來已久，天后宮也援引觀音作為陪祀神。送子觀音乃民間婦女所鍾愛的觀音形象之一，由於性質與註生娘娘相類，所以同被供奉在育麟宮中。

右殿節孝祠

供奉土地公及631位當地貞節烈女，節孝祠龕內恭奉一組三件貞節婦女牌位，居中者題「澎湖全島歷代節孝者暨過去現在未來之節婦烈女諸女士同牌位」。

後殿清風閣

至聖先師

位於清風閣正廳。至聖先師即孔子，每逢考季也會有不少考生來此祈求考運昌隆。與積慶公夫婦的神牌擺放在同一處。

積慶公夫婦

位於清風閣正廳。積慶公林愿、夫人王氏為媽祖林默娘於凡間的父母，神位乃嘉慶年間冊封，因神格所限，僅能立神牌，不得立神像。

左後偏殿

天津媽祖像

位於清風閣東廳。來自天津元鎮殿的軟身媽祖像，約莫有400年的歷史。文化大革命時期，信徒不忍媽祖金身遭紅衛兵破壞，便潛藏起來偷渡出去。1990年代輾轉流落到香港拍賣會。時任立法委員澎湖籍的陳癸淼，向天后宮主殿媽祖請示獲同意後，便斥資重金從香港拍賣會買下，安置清風閣東側供奉迄今。