Чимало часу М. В. Бобрецький віддавав науковій та адміністративній діяльності. З 1881 по 1890 р. був секретарем фізико-математичного фа¬культету. Тричі обирався деканом фізико-математичного факультету (1890 – 1902). 20 липня 1902 р. призначений виконуючим обов’язки ректо¬ра університету, а 4 січня 1903 р. затверджений на цій посаді міністром на¬родної освіти. Обов’язки ректора виконував до осені 1905 р.

Протягом кількох років був куратором професорського лекторію, членом правління Київської громадської бібліотеки. 1898 р. під його керівництвом організовано перший в історії університету Св. Володими¬ра студентський науковий гурток любителів природознавства. За його ректорства на історико-філологічному факультеті відкрито студентський історико-етнографічний гурток (1903), збудовано новий чотириповерхо¬вий корпус для кафедри неорганічної хімії (1904), хімічного відділення фізико-математичного факультету.

М. В. Бобрецький був одним із провідних учених-зоологів, які актив¬но вивчали фауну Чорного моря. Став першим дослідником у галузі ембріології різних безхребетних, анатомії та систематики кільчастих червів. Автор багатьох наукових статей. Упродовж 1884 – 1891 рр. вийшло два томи (у трьох випусках) підручника для студентів "Основания зооло¬гии", яким користувалися не лише студенти університету Св. Володи¬мира, а й багатьох російських університетів.

Мав чин таємного радника (з 1905). Нагороджений орденами Св. Анни III (1872) і II (1885) ступенів, Св. Станіслава II (1881) і І (1901) ступенів, Св. Володимира IV (1890) та III (1896) ступенів, срібною медаллю за бездоганну службу за 40 років (1907).

Помер М. В. Бобрецький 11 вересня 1907 р. Похований у Києві на Байковому цвинтарі.

Джерело інформації: Ректори Київського університету. 1834-2006 / КНУТШ; В.В. Скопенко, В.А. Короткий, Т.В. Табенська, І.І. Тіщенко, Л.В. Шевченко. – Київ : Либідь, 2006. – С. 151-152.